№1
Скрипт-файл, который даст соответствующее изображение ДНК и выделенных множеств.
№2 Описание ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнение количества контактов разной природы.
| Контакты атомов белка с 1XBR | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 10 | 77 | 87 |
| остатками фосфорной кислоты | 20 | 81 | 101 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2 | 8 | 10 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 17 | 19 |
Как видно из этой таблицы, неполярных контактов значительно больше, чем полярных. Белок больше реагирует с остатками фосфорной кислоты, чем с чем-нибудь ещё.
№3 Схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot
№4
a) аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК (я насчитал 3)
b) Две аминокислоты THR194(A) и PHE211(A) лежат в бороздках ДНК. THR194(A) лежит в большой бороздке, скорее всего, будет играть большую роль в определении структуры.
№1
С помощью программы mfold я получил следующее изображение вторичной структуры тРНК. Она появилась у меня на 3 предсказании при задании значения Р=15, а что ещё интересно, у неё 3' конец начинается не с ССА, а с АСС, не знаю, насколько это принципиально.
| Участок структуры | Позиции в структуре по результатам find_pair | Результаты предсказания с помощью eiverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' 966-971 3' всего 6 пар |
Предсказаний нет | Предсказано 6 пар |
| D-стебель | 5' 923-925 3' всего 3 пары |
Предсказана 1 пара | Предсказаны все 3 пары |
| T-стебель | 5' 949-953 3' 5' 961-965 3' всего 5 пар |
Нет предсказаний | Предсказано 5 пар, из которых верными будут 3 |
| Антикодоновый стебель | 5' 939-943 3' 5' 927-931 3' всего 5 пар |
Все 5 пар предсказаны | Предсказано 5 пар |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 6 | 17 |