Я построил деревья 2 способами, а затем попытался их сравнить друг с другом. Были построены филогенетические деревья алгоритмами Neighbor-Joining и UPGMA:
| Neighbor-Joining | UPGMA |
 |
 |
|
В результате использования программы fneighbor я получил неукоренненное дерево. Последовательности двух доменных архитектур в нем четко различались (за исключением одной последовательности), поэтому я укоренил дерево там, где происходит разделение последовательностей на 2 группы. 1 и 2 архитектура, соответственно Скобочная струтктура |
Дерево, построенное по данному алгоритму, исходно было укорененным, причем укоренение сделано несколько странно: отдельно от остальных выкинута одна из последовательностей 1 архитектуры. Скобочная струтктура |
В черной рамке - последовательности с 1 доменной архитектурой, в зелёной, соответсвенно, - со 2 доменной архитектурой. Деревья визуально похожи, но отличаются разными кладами, хотя имеются и одинаковые (их не большинство). Если мы предположим, что две доменные архитектуры отделились друг от друга в самом начале (как видно на fneighbor), то про дальнейшую эволюцию конкретно мы можем сказать только для 2 архитектуры, поскольку и в том и в другом дереве, на начальном этапе эукариоты отделились от бактерий, и дальнейшая эволюция эукариот шла самостоятельно. У эукариот наблюдается расхождение групп Chordata от Ecdysozoa сразу после ответвления от бактерий. С первой архитектурой потяжелее. Если говорить про общие закономерности, то видно, что в первой архитектуре произошло отделение сначала Firmicutes от протеобактерий и актинобактерий. Внутри себя протеобактерии и актинобактерии эволюционировали различным образом, и в дальнейшем от них отделились грибы. На обоих деревьях видно, что особняком от остальных 1 архитектур стоит последовательность BOS7X7_DANRE. В данном случае это не фрагмент, а полноценный домен, и данное положение его можно объяснить с точки зрения таксономии (он принадлежит к Chordata).