"Классификация ферментов (EC)"

Сбор информации о своём ферменте

№1 Мой фермент CGT_HUMAN. Его EC: 2.4.1.45

2-hydroxyacylsphingosine 1-beta-galactosyltransferase.

Другие названия:

Ceramide UDP-galactosyltransferase

Cerebroside synthase

UDP-galactose-ceramide galactosyltransferase

№2 Расшифровка кода:

2 - Трансферазы 4 - Гликозилтрансферазы 1 - Гексозилтрансферазы 45 - 2-гидроксиацилсфингозин 1-бета-галактозилтрансферазы

№3 Схема реакции, катализируемой данным ферментом:

УДФ-α-D-галактоза + 2-(2-гидроксиацил)сфингозин = УДФ + 1-(β-D-галактозил)-2-(2-гидроксиацил)сфингозин

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot

Поиск проводил с помощью Swiss-Prot.

Число ферментов с тем же классом (2): 1697

Число ферментов с тем же классом и подклассом (2.4): 243

Число ферментов с 3 одинаковыми уровнями классификации (2.4.1): 174

Число ферментов с 4 одинаковыми уровнями классификации (2.4.1.45): 1 (сам CGT_HUMAN)

№3 Сохранение функции фермента у белков со сходными последовательностями

№1 У мыши (Mus musculus) нашлось 1370 белков, у которых класс классификации EC (2) совпал с таковым моего фермента. 215 белков - с тем же подклассом. С совпавшими 3 числами - 149. С 4 числами получилось только одно совпадение - CGT_MOUSE. blastp -query CGT_HUMAN.fasta -db prot -out gomolog.fasta -evalue 1

Нашлось 14 гомологов исходного белка:

Таблица показывает, что позиция в выдаче бласта явно соотносится с сохранением функции. Данный пример ярко демонстрирует, что сходство в последовательностях влечет за собой приблизительное сходство в функциях белков.