Дерево, порожденное Neighbor-Joining алгоритмом и укорененное retree
Дерево из Jalview
Укоренение произошло в ветвь {STRP1, STRPN} против {STAES, STAA1, BACSU, LISMO, GEOKA, BACAN}. Оно является верным. Не имеет смысла укоренять в среднюю точку дерево, построенное методом UPGMA, так как алгоритм UPGMA строит уже укорененное дерево.
Вообще, деревья получились достаточно похожие. Разница только в длине ветвей. Ну и конечно же в укоренении.
Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maxinum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку, так как этот метод не допускает предположения о молекулярных часах и, следовательно, не оценивает длину ветвей. А без этого невозможно укоренение в среднюю точку.
Не понимаю причины, но MEGA упорно не хочет сохранять корень, который я ставлю для определённой ветки. Метод максимальной экономии, в принципе, не допустил больших ошибок, многие клады совпадают с правильным деревом, укоренение совпадает, но GEOKA помещена в один узел с BACAN, что неверно.
Изображение укоренённого дерева без ECOLI.
Решил, помимо бутстрэп-подхода, применить и использование внешний группы, оставив ECOLI.
Вверху приведено дерево Original tree. Внизу - Bootstrap consensus tree. Разница между ними сразу бросается в глаза. Ближе всего к правильному дереву - Original tree. Причём, те клады, которые достоверно являются правильными, имеют высокую поддержку, а те, что неправильные, имеют меньшую поддержку. Например, клада, содержащая таксоны BACSU, GEOKA и BACAN построена неправильно, что и объясняет столь маленькую поддержку.