"Поиск генов"

№1 Таблица

ORF Начало Конец Направление Число гомологов Самый близкий гомолог E-value лучшего гомолога
AEWH01000006_1 185 1603 Прямое 5 NORM_BACSU 2E-136
AEWH01000006_9 6979 4325 Обратное 2 ODO1_BACSU 0.0
AEWH01000006_10 4341 3088 Обратное 5 ODO2_BACSU 3E-145
AEWH01000006_11 2817 1633 Обратное 3 NUPC_BACSU 3E-95

Данная таблица содержит информацию о тех открытых рамках, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность из BACSU. Вся информация указана непосредственно в ней

№2 Положения гипотетических генов во фрагменте

Ornithinibacillus scapharcae                               (перекрывание в 21 нуклеотидов)
 3'--------------------------[<=NUPC_BACSU,1633-2817]------[<=ODO2_BACSU,3088-4341][<=ODO1_BACSU,4325-6979]------5'

 5'--[=>NORM_BACSU,185-1603]-------------------------------------------------------------------------------------3'

Перекрывание между 9 и 10 ORF с учётом стоп-кодона.

№3 Сравнение

Bacilius subtilis                              
 3'-----------[<=ODO2_BACSU,2107508-2108758]-[<=ODO1_BACSU,2108777-2111608]---------------------------------------[<=NUPC_BACSU,4050343-4051521]-------5'

 5'------------------------------------------------------------------------[=>NORM_BACSU,2119393-2120751]----------------------------------------------3'

tblastn -query prot_bacsu.fasta -db bac -out prot.fasta -evalue 0.001

Получается, что расположение генов ODO2_BACSU и ODO1_BACSU консервативно, положение гена NORM_BACSU изменилось относительно этих двух. Расстояние между ними большое, направление отличается от такого у Ornithinibacillus scapharcae, его нельзя считать консервативным. NUPC_BACSU можно вообще не рассматривать в этой схеме.