№1 Таблица
ORF | Начало | Конец | Направление | Число гомологов | Самый близкий гомолог | E-value лучшего гомолога |
AEWH01000006_1 | 185 | 1603 | Прямое | 5 | NORM_BACSU | 2E-136 |
AEWH01000006_9 | 6979 | 4325 | Обратное | 2 | ODO1_BACSU | 0.0 |
AEWH01000006_10 | 4341 | 3088 | Обратное | 5 | ODO2_BACSU | 3E-145 |
AEWH01000006_11 | 2817 | 1633 | Обратное | 3 | NUPC_BACSU | 3E-95 |
Данная таблица содержит информацию о тех открытых рамках, для которых нашлась хотя бы одна сходная последовательность из BACSU. Вся информация указана непосредственно в ней
№2 Положения гипотетических генов во фрагменте
Ornithinibacillus scapharcae (перекрывание в 21 нуклеотидов) 3'--------------------------[<=NUPC_BACSU,1633-2817]------[<=ODO2_BACSU,3088-4341][<=ODO1_BACSU,4325-6979]------5' 5'--[=>NORM_BACSU,185-1603]-------------------------------------------------------------------------------------3'Перекрывание между 9 и 10 ORF с учётом стоп-кодона.
№3 Сравнение
Bacilius subtilis 3'-----------[<=ODO2_BACSU,2107508-2108758]-[<=ODO1_BACSU,2108777-2111608]---------------------------------------[<=NUPC_BACSU,4050343-4051521]-------5' 5'------------------------------------------------------------------------[=>NORM_BACSU,2119393-2120751]----------------------------------------------3'
tblastn -query prot_bacsu.fasta -db bac -out prot.fasta -evalue 0.001
Получается, что расположение генов ODO2_BACSU и ODO1_BACSU консервативно, положение гена NORM_BACSU изменилось относительно этих двух. Расстояние между ними большое, направление отличается от такого у Ornithinibacillus scapharcae, его нельзя считать консервативным. NUPC_BACSU можно вообще не рассматривать в этой схеме.