№1 Вес моего выравнивания
Мое выравнивание из предыдущего задания:
А теперь то же выравнивание, но в виде таблицы и с весом позиций выравнивания. Для подсчёта веса была использована матрица BLOSUM62.
| T | G | D | A | F | N | S | I | I | R | L | E | I | N | K | P | G | - | K | P | F |
| - | G | D | - | F | N | S | M | V | R | L | E | M | R | K | T | G | V | K | P | F |
| (-12) | 6 | 6 | (-12) | 6 | 6 | 4 | 1 | 3 | 5 | 4 | 5 | 1 | 0 | 5 | (-1) | 6 | (-12) | 5 | 7 | 6 |
В моём выравнивании 3 гэпа, которые были открыты в разных местах. Следовательно, мой штраф составляет -36 (12*3), и в итоге суммарный вес выравнивания равен 39.
№2 Выравнивание программой stretcher
Выполнив соответствующую команду (file1.fasta file2.fasta aligment.stretcher -auto), я получил файл aligment.stretcher . Как видно из этого файла, моё выравнивание полностью совпадает с выравниванием, построенным stretcher. И, соответственно, веса тоже совпадают: 39.
№3 Полное и частичное выравнивание моего белка с гомологом
В частичное выравнивание вошли участки с 5-324 и 2-327
Локальное выравнивание началом не совпадает с глобальным. Так, первым символам в локальном выравнивании соответствуют 5 остаток гомолога (лизин) и 2 в моём белке (тоже лизин). А вот в глобальном первым символом для гомолога будет метионин, и ему противопоставляется гэп. Концовки выравниваний совпадают. А вообще в локальном выравнивании гэпов меньше, а проценты идентичности и похожести больше, чем у таковых глобального, почти на 1 процент.
Выравнивания имеют одинаковый вес - 1033.5. Вес глобального выравнивания не может быть больше локального. Ведь локальное выравнивание наиболее оптимально представляет последовательности друг другу, и даже если глобальное будет содержать в себе локальное выравнивание (и при этом они не равны), то оно будет иметь штраф из-за гэпов.
№1 Карта локального сходства
буквой A обозначена последовательность гомолога, а буквой B - последовательность моего белка.
№2 Несколько субоптимальных выравниваний
Использовав команду matcher, я получил 3 подпоследовательности (-alternatives 3). Их веса равны 1011, 40 и 33. В первой подпоследовательности была длина 311 остатков. В двух последних по 15. Стоит отметить, что выравнивания двух малых подпоследовательностей дало одинаковые проценты идентичности и похожести (процент гэпов равен 0), но веса у них отличаются на 7 единиц.