N1 Создание паттернов аминокислотных последовательностей
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из вашего выравнивания найдены? (если нет, то сколько) |
| Фрагмент последовательности | SGKYAAFVGV | 1 | Был найден только мой белок (glsa1_bacsu), фрагмент которого и был выбран за паттерн |
| Сильный | S-G-[TKES]-[FY]-A-[ASIV]-[HYKRF]-[IV]-G-[IV]-P-[AS] | 19 | Все 8 моих белков были найдены |
| Слабый | S-G-x-[FYW]-A-[AIVL]-x-[IVL]-G-[IVL]-P-[ASGT] | 31 | Было найдено 7 из 8 моих белков |
В принципе, ничего необычного получено не было. Все найденные белки принадлежали семейству глутаминаз.
N2 Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке GLSA1_BACSU
| Идентификатор документа Prosite (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00008 | MYRISTYL | N-myristoylation site | PATTERN with a high probability of occurrence | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | Неспецефична | 7 |
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | N-glycosylation site | (PATTERN with a high probability of occurrence | N-{P}-[ST]-{P}
N is the glycosylation site |
Неспецифична | 3 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Casein kinase II phosphorylation site | PATTERN with a high probability of occurrence | [ST]-x(2)-[DE] | Неспецифична | 5 |
| PS00009 | AMIDATION | Amidation site | PATTERN with a high probability of occurrence | x-G-[RK]-[RK]
x is the amidation site |
Неспецифична | 1 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Protein kinase C phosphorylation site | PATTERN with a high probability of occurrence |
S or T is the phosphorylation site |
Неспецифична | 2 |