"Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro"

№1

Доменная структура белка GLSA1_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка XXXX_BACSU	Клан
1.	PF04960	Glutaminase	Это семейство ферментов дезаминирует глутамин до глутамата EC: 3.5.1.2.	2–327	Это семейство является членом клана Бетта-лактамаз (CL0013), которое всего имеет 7 членов.

№2

• Домен входит в 23 архитектуры
• Для 1642 белков, содержащих данный домен, известна последовательность
• Пространственная структура определена для 3х белков.
• Выравнивание "seed"
• Посмотрев это выравнивание в Jalview, я нашёл, по крайней мере, 3 гомологичных участка. Это домены 91-99, 231-249 и 274-285. И на мой взгляд, это выравнивание демонстрирует нам гомологичность взятых белков. Выравнивание является достоверным.

  №3

  Доменная структура белка A0Q4B6_FRATN грам отрицательной бактерии Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112)

  Представленность домена PF04960 и PF12796 в организмах разных таксонов

  Таксон		Количество белков с доменом PF04960 (Glutaminase).	Количество белков с доменом PF12796 (Ank_2).
  Эукариоты	Зеленые растения	0	86
  	Грибы	5	115
  	Животные	47	246
  	Остальные эукариоты	12	60
  Археи		0	13
  Бактерии		1121	1407
  Вирусы		0	89

  Очевидно, что домен Ank_2 гораздо более распространён, чем Glutaminase. Достаточно посмотреть на его представленность среди эукариот. Да и присутствует он и у архей с вирусами, в отличии от glutaminase

  №4

  Interpro. Мотивы белка GLSA1_BACSU
  • Самый короткий мотив G3DSA:1.10.1500.10. Описан в банке CATH. Тип распространяющего правила - домен.
  • Самый длинный мотив PBP_transp_fold. Описан в банке SUPFAM. Тип распространяющего правила - домен.
  • В Interpro интегрированы все структурные подписи, кроме 2х последних.
  • Границы домена Glutaminase (32-327) не отличаются от такого в InterPro.