№1 Система секреции
Мой белок задействован в системе секреции II типа (T2SS protein I) - экспорт белков (ранее известная как general secretion pathway GSP). Сам белок принадлежит к GSP I family. Это консервативная система секреции, служащая для того, чтобы выводить в окружающую среду различные токсины и протеазы. В типичном случае эта система представлена 12-16 белками, ассоциированными в большой комплекс, проходящий через всю периплазму и соединяющий внутреннюю и внешнюю мембраны (см картинку).
№2 Расшифровка терминов GO
В поле DR записи Uniprot нашел соответствующие идентификаторы GO (GO:0015031, P:protein transport). Эти идентификаторы указывают нам, что мы имеем дело с белковым транспортом, а если точнее то с направленным движением белков в, из или внутри клетки, между клетками с помощью некоторых посредников, таких как переносчики, пора и другие.
№3 Карта ортологов
График нормирован на наш белок (GSP protein I), который отмечен красным. Наборы генов с похожей последовательностью сгруппированы (одинаковый номер и цвет).
То же самое, только окрестность увеличена на 15000 н.п. и число ортологов около 50. Если мы посмотрим на первую картинку, то мы можем сказать, что почти все гены, около центрального (красной стрелки) колокализованы с ним. Причем все эти гены (стрелки 11, 8, 6, 7, 9, 10, 12) относятся к GSP разных типов, таким образом, также связаны с секрецией второго типа и образуют с нашим белком мультибелковый комплекс, их гомология понятна. Различие видно на примере генов 3 и 2 (протеаза и белок внешней мембраны соответственно). Их положение сходно, но в некоторых случаях наблюдаются сдвиги или разбиения. Если посмотреть на вторую картину (со сдвигом), то становится ещё более понятным, что у родственных бактерий колокализованы с нашим геном лишь небольшое число генов, причем все они относятся к GSP семейству. И не совсем ясно, что с остальными генами. Например, в одних организмах наблюдаются прямо консервативные гены (например 15, 16, 14 и 17), а уже в других они пропадают.