№1 Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для аминокислотных последовательностей P18196, P0A832, P17265 и O31465
| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||||
| Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | |||
| MINC_ECOLI | P18196 | 6 | 165 | 0,004 | 0,005 | 995 | 9e-04 | 0.099 |
| SSRP_ECOLI | P0A832 | 2 | 514 | 3e-12 | 4.9 | 514 | 3e-38 | 0.42 |
| Y380_RHIME | P17265 | 4 | 15 | 7e-04 | 0.027 | 25 | 3e-18 | 0.024 |
| GLSA1_BACSU | O31465 | 2 | 157 | 4e-26 | 0.13 | 157 | 6e-104 | 0.094 |
№2 Работа с белком MINC_ECOLI
Сначала я уменьшид пороговое значение E-value до 0,001. Потом повторил все те же самые операции, что и в предыдущем задании. На первой интерации число находок выше порога было 155, худшее из лучших было 7e-04 (лучшее из худших - 0.001). Список стабилизировался после 3 интерации. Общее число находок на последней - 188. Худшее из лучших E-value - 6e-12. Ниже порога не нашлось. Возможно такие результаты связаны с тем, что с таким порогом число гомологов уменьшается. Это показывают приведенные выше цифры. И возможно, можно поставить 7e-4 в качестве другого порога, чтобы интерации вели себя также.