| Количество спиралей | Количество β-тяжей | Количество реверсивных поворотов | Количество водородных связей |
| 15 (α-спиралей) | 13 | 26 | 201 |
Мой белок принадлежит к классу α+β - так как в нём присутствуют и альфа и бетта спирали, а также отсутствует чередование.
№2 Вторичная структура
α-спираль 14-31:A
антипараллельные β-тяжи 62-64:A и 50-54:A и 293-298:A (у меня белок небольшого размера, но как видно из рисунка, представленного выше, в нём сразу выделяется антипараллельный β-тяж из трёх цепей)
параллельных β-тяжей у меня нет, поэтому я скачал файл 1BS2 с PDB. Там они выглядят следующим образом: 182-186:A, 144-148:A, 366-370:A, 397-400:A
Петля круто поворачиваеться на 180 градусов на фрагменте 228-231:A
№3
 |  |  | Паттерн водородных связей H(i,i+4), где i - это номер остатка. Но атомы кислорода 23 и 24 остатка водородную связь не образуют. А начиная с 25 атома паттерн водородных связей принимает вид H(i,i+3). β-атомы углерода расположены по спирали, что видно на центральной картинке. |
 |  |  |
Здесь видно, что атомы β-углерода расположены перпендикулярно плоскости β-тяжа. Причём, видно их чередование: они расположены то над, то соответственно под плоскостью β-тяжа
Я попробовал сделать паттерн водородных связей, но получил неоднозначные результаты. Возникает вопрос, имеет ли смысл паттерн в моём случае, когда β-тяжи представлены таким небольшим числом остатков? Вот мои результаты: H(i+1,i+1), H(i+2,i+3) и H(i,i+4).
№5
Выбранный поворот состоит из следующих остатков: PRO228, ILE229, ARG230, HIS231
Водородные связи отсутствуют