№1 С помощью SRS находим наш белок в банке SwissProt
Мои особенности:
ID GLSA1_BACSU_13; parent: GLSA1_BACSU FT HELIX 141 156 SQ Sequence 16 AA; AYEKLEFLYS VMETLI
Здесь показано, что 16 аминокислот на участке от 141 до 156 составляют спираль. Однобуквенными символами показана последовательность.
ID GLSA1_BACSU_25; parent: GLSA1_BACSU FT STRAND 273 279 SQ Sequence 7 AA; GGIMALV
Здесь показан бетта-тяж из 7 аминокислот на участке 273-279. Однобуквенными символами показана последовательность.
ID GLSA1_BACSU_26; parent: GLSA1_BACSU FT TURN 281 284 SQ Sequence 4 AA; PSAR
Здесь показан поворот на 180 градусов из 4 аминокислотных остатков на участке 281-284. Однобуквенными символами показана последовательность.
№2 Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к моему белку
Привожу сюда файл, который я сохранил: Мой файл
№3 Полноразмерные белки из Firmicutes
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
|---|---|---|
| Hydrolase. Belongs to the glutaminase family | (([swissprot-Description:Glutaminase*] & [swissprot-Description:1]) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 5 |
| Hydrolase. Belongs to the glutaminase family | ((([swissprot-Description:glutaminase*] & [swissprot-Description:1]) ! [swissprot-Description:fragment*]) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 5 |
| Hydrolase. Belongs to the glutaminase family | (([uniprot-Description:glutaminase*] & [uniprot-Description:1]) & [uniprot-Taxonomy:firmicutes*]) | 103 |
| Hydrolase. Belongs to the glutaminase family | ((([uniprot-Description:glutaminase*] & [uniprot-Description:1]) ! [uniprot-Description:fragment*]) & [uniprot-Taxonomy:firmicutes*]) | 103 |
| Hydrolase. Belongs to the glutaminase family | (((((([uniprot-Comment:Belongs*] & [uniprot-Comment:to*]) & [uniprot-Comment:the*]) & [uniprot-Comment:glutaminase*]) & [uniprot-Comment:family*]) > parent ) & [uniprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 342 |
№4 Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате.
Последовательности найденных белков
№5 Белки в xls
Привожу свой файл: xls
№6 Первая и последняя версия
| Первая запись | Последняя запись | |
| Дата создания | 01-JAN-1998 | 22-FEB-2012 |
| Идентификаторы ID и AC | O31465 - и ID, и AC | ID - GLSA1_BACSU, AC то же самое |
| Изменения в последовательности | молекулярная масса - 36186 MW | 36187 - молекулярная масса, что говорит об изменении последовательности, но не значительно |
| Изменения полей |
OC: PROKARYOTA; FIRMICUTES; ENDOSPORE-FORMING RODS AND COCCI; BACILLACEAE DE: YBGJ PROTEIN SQ: SEQUENCE 327 AA; 36186 MW; 80373919 CRC32; |
OC: Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus DE: RecName: Full=Glutaminase 1; EC=3.5.1.2; SQ: SEQUENCE 327 AA; 36187 MW; BE3A1C2366460287 CRC64; |
| Переходы из банка | Не было | 24-JAN-2001, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot |
В заключении можно сказать, что за прошедшие 14 лет было проведено множество работ по изучению белка, что в итоге и повлекло за собой столь ощутимые изменения.
№7 Таксономия в SwissProt
С "bacil" начинаются следующие таксоны: bacillaceae bacillales bacillariaceae bacillariales bacillariophyceae bacillariophycidae bacillariophyta bacillus. 15278 записей описывают белки из рода bacillus. 68036 записей описывают белки из отдела Firmisutes
№8 MRS
Нашёл свой белок. Очень удобно, что может выдавать по-разному: в виде fasta формате, текстом или в такой вводной информации. Что касается ссылки Find similar, то я вряд ли смогу сказать что-то определённое. Я заметил, что все найденные белки принадлежат одному таксону. Также в поле reference для них всех характерно поле strain=168
Вот какой файл у меня получился, когда я попытался посмотреть сразу две находки: mrs
№9 Интересы Нейфаха
Мой запрос выглядит так: ([swissprot-Authors:Neyfakh*] > parent ). Нашёл я 12 публикаций. Видимо интересы Нейфаха связаны с multidrug efflux transporter.
№10 NCBI
Entrez показывает больше особенностей (31), чем UniProt (29). В Entrez не описана классификация по номенклатуре ферментов. В поле комментариев добавлена следующая строка On Apr 26, 2005 this sequence version replaced gi:7430240. Имеется поле Origin в которой представлена аминокислотная последовательность, но отсутствует молекулярная масса и другие показатели, характерные для Uniprot