"Выравнивание последовательностей"

Выравнивание двух фрагментов

Вверху представлено выравнивание двух последовательностей (фрагментов) белка. Процент идентичности составляет около 61,9%. Процент сходства равен 76,19%

Карта локального сходства

На рисунке изображена карта локального сходства. Единицей отмечены совпадающие символы. Жёлтым цветом обозначены ячейки, которые отражают полное сходство символов в соответствующей колонке. Красным отображены ячейки, которым в выравнивании соответствуют остатки, которые очень похожи друг на друга. Если проследить по диагонали (там где обе клетки закрашены), то можно увидеть соответствующий путь моего выравнивания. Участки диагонали (i+1, f+1) с жёлтым цветом указывают на идентичные последовательности из одинаковых символов. Прерывающиеся участки на позициях (i+1, f+2) указывают на то, что на этом месте имеется гэп (хотя это не обязательно, так как на карте отображены случаи гэпа в тех местах, где в выравнивании противопоставляются друг другу не похожие остатки). Точно места гэпа можно увидеть в столбце и в строчке соответственно, в которой нет ни одной единички, и в которых нет окрашенных ячеек.

Выравнивание фрагмента с последовательностью моего белка с помощью программы bl2seq

Пользуясь программой bl2seq, забиваем последовательность моего белка GLSA1_BACSU в формате fasta и фрагмент этой же последовательности в соответствующих окнах. В итоге получаем следующее выравнивание:

Значит, координаты конца и начала моей последовательности это, соответственно, 102 и 121

Выравнивание последовательности моего белка с последовательностью гомологичного белка

Привожу выравнивание:

Соответственно, ID белков: GLSA2_BACHD и мой белок GLSA1_BACSU. Первый белок из Bacillus halodurans, а второй из Bacillus subtilis. Процент идентичности - 60%. Процент сходства - 77%. Гэпов 6. Имеются два участка, где гэпы идут подряд (2 в одном и 4 в другом, что можно видеть на изображении). Гэповые колонки отсутствуют.