Построение парного выравнивания исследуемого белка и заданного прототипа

Исследуемый белок:

UniProt AC: A0KHU2

Белок- прототип:

UniProt AC: P60844, PDB ID: 1RC2

На сайте PDB по идентификатору была получена fasta- последовательность 1RC2.fasta. На сайте expasy.org по идентификатору была получена fasta- последовательность A0KHU2.fasta.

Выравнивание строилось при помощи программы ClustalX2. Штраф за открытие гэпа-10 Штраф за продление гепа-5.

Готовое выравнивание сохранено в файле marking.msf.

Разметка мембранных сегментов на выравнивании

По ID 1RC2 PDB белка-прототипа было найдено описание ориентации белка в мембране в БД OPM (Orientations of Proteins in Membranes database). В соответствии с этим в программе GeneDoc к парному выравниванию заданного белка и прототипа была добавлена еще одна строка-"последовательность", где символами "H" обозначили позиции аминокислот мембранных сегментов, "+" - позиции цитоплазматических петель (и хвостов), "-" - остальные (в периплазме).

Предсказание топологии заданного белка с помощью программы TMHMM

Результат предсказания с сервера

Выравнивание в формате Clustal

В программе GeneDoc к выравниванию была добавлена четвертая "последовательность", где на основании предсказания TMHMM символами "H" обозначили позиции аминокислот мембранных сегментов, "+" - позиции цитоплазматических петель (и хвостов), "-" - позиции вне клетки.

Оценка качества предсказания топологии мембранного белка A0KHU2

В целом по выравниванию видно, что основные мембранные участки белка предсказаны достаточно хорошо.Показатели Чувствительность- Специфичность-Точность согласуются между собой и имеют, в принципе, высокие значения. Сверхпредсказание и Недопредсказание, напротив, достаточно низкие.