Мембранные белки

1. Анализ множественного выравнивания трансмембранных белков

Составила репрезентативную выборку гомологов своего белка 4ruf_A, состоящую из 200-300 белков.

Осуществила поиск по базе данных UniProt Clusters на уровне идентичности 50%

Посмотреть последовтельность можно - здесь

Результат множественного выравнивания программой muscle - ссылка

Параметры выборки: база данных - UniProt Clusters 50%, отобрано находок - 200, e-value худшей - 0,0.

Выдача множественного выравнивания : muscle.clw

Какие последовательности пришлось убрать : UniRef50_UPI0006D93419, UniRef50_A0A0L0CNR4, UniRef50_L9KQU0, UniRef50_A0A0S7LYB6, UniRef50_A0A146XXF0,UniRef50_UPI0002C2EB5B, UniRef50_A0A146XSX8 UniRef50_H2XNN0, UniRef50_UPI000511DDE1, UniRef50_A0A0P6IIR1,UniRef50_A0A0A9XQD1. Некоторые из них были очень длинные, некоторые очень очень короткие, поэтому выравнивание было не очень хорошим.

Само множественное выравнивание в программе JalView с размеченными участками мембранной спирали - align.jar

Рисунок 1.Предсказание TMHMM структуры гомолога белка 4ruf

Данный сервис предсказал 6 трансмембранных доменов.Перекрытия частичные.

Окраска по Hydrophobisity для опознования гидрофильных (синих) и гидрофобных (красных) остатков.Above Identity Threshold = 5%.

Рисунок 2.3D структура белка 4ruf_A.(n-сторона мембраны сверху, p-сторона мембраны внизу). Раскраска Hydrophobicity (гидрофобные - красные, гидрофильные незаряженные - фиолетовые, гидрофильные - синие). Порог консервативности 5%.

Большинство участков, относящихся к трансмембранным спиралям более-менее консервативны, если сравнивать их с участками между спиралями. Чаще встречаются изолейцин и лейцин.Так же есть консервативные участки в спиралях, например, 685-687 GYG как показано на рисунке 3.

Рисунок 3. Множественное выранивание на участке 670-720

TMHMM предсказала 6 трансмембранных доменов, на представленные они накладывались, но не так хорошо, скорее всего это связано с тем, что на вход программе был дан гомолог белка.

2. База данных OPM

Предсказание расположение данного белка в мембране 4ruf_opm.pdb Ссылка

Белок 4ruf

Толщина гидрофобной части мембраны: 3.18 нм.

Белок насположен в плазме мембраны эукариот

Среднее количество остатков в трансмембранной спирали: 25

Белок в трансмембранной части которого расположены бетта-листы - 2maf Ссылка на 2maf

Белок

3. База данных TCBD

В базе белок 2maf отсутствует, поэтому я взяла другой белок. Информацию о нем можно найти по ссылке

TC-код:2.A.20.2.7

2.А - белки, отвечающие за электрохимический потенциал-зависимый транспорт

2.A.20 - семейство, отвечающее за транспорт неорганических фосфатов

2.A.20.2.7 - Na+ зависимый фосфатный транспорт