1.Геномное окружение, SEED

Цель задания: проверить консервативность геномного окружения гена CT0769.

Для этого задания была использована база STRING.

В этой базе мой ген nuoD - NADH гидрогеназа 1 организма Chlorobium tepidum TLS.

Информация находится по ссылке.

Рис1.Предсказанные функциональные партнеры nuoD

В окресностях гена nuoD расположено много других генов.

На рисунке 2 показаны ортологи.

Рисунок 2.Ортологи nuoD.

ген nuoB (субьъединица B NADH дегидрогеназы) присутствует во всех геномах, кроме Pyrolobus fumarii

ген ndhJ( NADH дегидрогеназа 1) присутствует почти во всех геномах, кроме Purobaculum

ген nuoH (субъединица 1 NADH дегидрогеназы 1) присутствует во всех геномах, кроме Thermococcaceae, Vulcanisaeta, Thermoproteus, Ignicoccus hospitalis.

ген nuoA (субъединица 3 NADH дегидрогеназы 1) присутствует чуть больше в половине геномов

ген ndhB (субъединица 2 NADH дегидрогеназы 1) присутствует почти во всех геномах

остальные гены находятся в более меньшем числе геномов.

2. Опероны, DOOR

Цель задания: найти гены, входящие в один оперон с заданным, и сравнить находки с результатами из STRING.

Оперон на сайте DOOR:ссылка

Опероны гена CT0769, найденные с помощью DOOR.

С базой данных STRING совпадают только гены ndhI; ndhE; ndhF.

Изображение оперона в базе DOOR не представлено.

3.Метаболические пути, KEGG

Цель задания: выяснить, связаны ли найденные белки с заданным функционально

Для этого я нашла белок,кодируемый этим геном, в KEGG. ссылка

Метаболический путь белка

В этот метаболический путь входят все гены, найденные в STRING.

Общие данные по гену представлены в таблице 1

Таблица 1. Итоговая таблица по базам STRING, DOOR по гену CT0769.