Практикум 8. Gene Ontology
Задание 1. Отнесение белка эндодеоксирубонуклеаза RuvC структуры Холидея(crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC) из Alicycliphilus denitrificans K601 к терминам GO.
Цель: описать, какие термины GO относятся к моему белку.
Белок из 1 семестра с идентификатором YP_004389651.1 организма
Alicycliphilus denitrificans K601.
С помощью AmiGO поиском BLAST я обнаружила в БД GO белок, который наиболее похож
мой. Это белок SO_2431, принадлежит организму Shewanella oneidensis MR-1, e-value =
4.0e-35. Данные по выравниванию показывают, что % идентичных позиций равен 54, а % функционально
консервативных поцизий 71. Это не тот же самый белок.
Ссылка на сайте.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентиикаторами Uniprot Q8EEF1(SO_2431)
| Аспект
|
Идентификатор GO
|
Название термина
|
Перевод названия термина
|
Код типа достоверности
|
| biological process
|
GO:0006310
|
DNA recombination
|
ДНК рекомбинация
|
ISS
|
| molecular function
|
GO:0008821
|
crossover junction endodeoxyribonuclease activity
|
Эндодизоксирибонуклеазная активность структуры Холидея
|
ISS
|
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности
|
Расшифровка кода типа достоверности
|
Объяснение
|
| ISS
|
Inferred from Sequence or structural Similarity
|
Данный код присваивается в случае, когда на базе анализа последовательности создается аннотация и
делается вручную экспертами
|
Задание 2. Описание термина GO:0006310 (DNA recombination, ДНК рекомбинация).
Цель: описать любой термин GO из тех, которые относятся в моему белку.
Таблица 3. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Свойство
|
Значение
|
| Идентификатор (Accession)
|
GO:0006310
|
| Название (Name)
|
DNA recombination
|
| Аспект онтологии (Ontology)
|
Биологический процесс(biological_process)
|
| Синонимы (Synonyms)
|
нет
|
| Определение (Definition)
|
Любой процесс, в ходе которого новый генотип образуется благодаря реассоцииации генов, приводящий к
различным комбинациям геном, отличающихся от тех, которые были представлены у родителей. Эукариотическая генетическая
рекомбинация может происходить за счет внутрихомосомных рекомбинаций или невзаимной
межхромосомной рекомбинации.
|
| Комментарий (Comment)
|
нет
|
| Число родителей (из них - логически определенных)
|
16(15)
|
| Число потомков (из них - логически определенных)
|
20(20)
|
 Рис1.Граф, описывающий отношения GO:0006310 с родителями.
Черный цвет - термин является каким-то другим термином.
Ссылка на сайте
|