В меню расширенного поиска Uniprot мной был произведён поиск белка бактерии вида Streptomyces globosus в базе UniProtKB, я приняла решение в итоге ничего не добавлять в качестве дополнительного параметра поиска, поскольку при добавлении различных параметров качество аннотации было 2/5, что является не очень хорошим признаком. Как только я перестала добавлять дополнительные параметры в строке 'Advanced', то первый белок из открывшегося списка был с качеством аннотации 5/5, поэтому я решила взять именно его для работы в рамках этого практикума.
Выбранный мною белок является поликетидсинтазой, являющейся многофункциональным ферментом, который катализирует биосинтез de novo длинноцепочечных насыщенных жирных кислот, начиная с ацетил-КоА и малонил-КоА, в присутствии NADPH. Также он обладает 7 каталитическими активностями и сайтом для связывания простетической группы 4'-фосфопантетеина ацильного домена белка-носителя ([ACP]).
Первым поисковым запросом я решила узнать количество бактерий рода Streptomyces, у которых есть данный белок: было получено 12805 результатов. (Во время поиска использовались следующие параметры: (taxonomy_id:1883) AND (protein_name:"polyketide synthase") Такое немалое число можно объяснить тем, что, во-первых, выделяется 3 типа поликетидсинтаз, во-вторых, видов у данного рода много, а синтез жирных кислот является одним из основных в биосинтезе веществ.
Вторым поисковым запросом я интересовалась количеством различных синтаз у моей бактерии: по результатам поиска их оказалось 228. (Во время поиска использовались следующие параметры: (taxonomy_id:68209) AND (protein_name:synthase) Это позволяет сделать вывод, что у бактерии Streptomyces globosus в процессах синтеза используется, как минимум 228 различных синтаз.
Третьим поисковым запросом я хотела узнать: есть ли у кого-то из семейства Streptomycetaceae ген C0216_12665, кодирующий данный белок. (Во время поиска использовались следующие параметры: (taxonomy_id:2062) AND (gene:C0216_12665) По полученному результату можно сделать вывод, что такой ген есть только у бактерии Streptomyces globosus.
