Практикум 10. Поиск в нуклеотидных банках по аннотации. Выравнивание геномов

Выравнивание двух геномов и их сравнение с помощью DotPlot

Я долго пыталась найти подходящие геномы, но все карты, которые получались, были странными. В итоге, я решила остановиться на сравнении геномов двух бактерий: Rickettsia rickettsii и Rickettsia japonica, которые вызывают острые лихорадочные заболевания. Их геномы я нашла при помощи поиска в банке Nucleotides на NCBI (указала организм и в поле Title: chromosome; получив выдачу, щёлкнула RefSeq).

**Рисунок 1.** Результаты поиска на NCBI

Далее я использовала megablast и blastn, чтобы выровнять последовательности. Оба алгоритма я запускала с изначальными параметрами (размер слова в blastn 11, megablast 28). Получившиеся после работы BLAST карты локального сходства представлены ниже.

**Рисунок 2.** Результат при помощи megablast (query coverage 96%, percent identity 97,14%)

**Рисунок 3.** Результат при помощи blastn (query coverage 96%, percent identity 97,58%)

Исходя из полученных результатов можно сделать следующие выводы:

На участке 1140 - 1250 произошла инверсия
Также четко видно, что были взяты разные точки начала отсчета в хромосомах (за счет кольцевого генома)
Даже на карте выравнивания с помощью megablast мы видим шероховатости, но на карте выравнивания с помощью blastn их гораздо больше, что говорит о большом количестве повторов