В рамках данного практикума я работала с тРНК 1o0b. Для начала я использовала команду einverted из пакета EMBOSS:
Далее при помощи алгоритма Зукера было получено изображение вторичной структуры тРНК.
Также я бы хотела представить изображение вторичной структуры универсальной тРНК из статьи О.О.Фаворовой.
Ниже представлена таблица сравнения результатов, полученных при помощи find_pair (результаты есть в предыдущем практикуме), einverted и алгоритма Зукера.
| Участок структуры | find_pair | einverted | алгоритм Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | [G]902-[A]907 & [U]966-[C]971 | Совпадает | Совпадает |
| D-стебель | [G]910-[C]912 & [G]923-[C]925 | Отсутствует | Совпадает |
| Т-стебель | [C]949-[G]953 & [C]961-[G]965 | Отсутсвует | Совпадает |
| Антикодоновый стебель | [A]926-[U]933 & [A]937-[C]944 | Отсутсвует | [C]927-[A]931 & [U]939-[G]943 |
| Общее число канонических пар | 17 | 6 | 19 |
В этом задании необходимо было найти ДНК-белковые контакты в структуре с PDB_ID: 1p47. Ниже представлены ссылки на скрипты в формате txt:
Ниже представлена таблица с полученными результатами:
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| Остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 50 | 54 |
| Остатками фосфорной кислоты | 33 | 34 | 67 |
| Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 62 | 81 | 143 |
| Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 2 | 2 |
С помощью программы nucplot было получено изображение ДНК-белковых взаимодействий (pdf). Ниже я представлю изображения:
На схеме построенной nucplot контакты можно наблюдать, что одним из остатков, имеющих наибольшее количество контактов c ДНК, является Arg124 (имеет 2 связи с ДНК).
