В рамках данного практикума я решила работать с таким эукариотическим организмом, как Ирбис (он же Снежный барс, он же Снежный леопард). На латыни он именуется как Panthera uncia (ранее было другое название, а именно Uncia uncia), а на английском языке - Snow leopard. Почему же я выбрала именно это животное для анализа? Во-первых, я являюсь большим фанатом больших кошек. Во-вторых, посмотрите вот это видео(Спойлер: вы можете быть шокированы от зашкаливающего количества милоты). Ниже я приведу некоторую информацию о барсах, взятую с сайта.
Рисунок 1. Снежный барс в движении
Длина тела, включая хвост, примерно 2 метра, высота в плечах до 60 см, самки немного меньше самцов. Окраска дымчатая с большими тёмными пятнами. Распространён в горных областях Центральной Азии. В России находится незначительная часть ареала. Основу питания составляют горные копытные, а также зайцы и горные птицы улары. Логово устраивает в пещерах или завалах скал. Держится поодиночке, охраняя свои территории. Беременность длится примерно 100 дней. В помёте обычно 2–3 котёнка. Живёт в природе 13 лет, в неволе – до 28 лет. Мех снежного барса высоко ценится, что привело к снижении численности. Ныне общая численность популяции в России составляет менее 200. В Красной книге вид оценивается как угрожаемый, требующиц специальных мер по охране.
Рисунок 2. Счастливая пара снежных барсов
По запросу Panthera uncia я получила следующие результаты (я убрала некоторые колонки, чтобы всё необходимое было видно сразу на фото).
Рисунок 3. Результат запроса на NCBI GENOMES
Было найдено 2 сборки. Я выбрала верхнюю сборку с уровнем "Chromosome" (имеет последовательность для одной или нескольких хромосом). Выбранная мной сборка является референсной (её вручную выбрали в качестве стандарта как более качественную).
Выписанные в виде таблицы некоторые характеристики выбранной сборки
Ниже представлена таблица с некоторыми характеристиками выбранной сборки.
Характеристики выбранной сборки:
Идентификатор GenBank
Идентификатор RefSeq
Общий размер генома
Scaffold N50
Scaffold L50
Contig N50
Contig L50
GCA_023721935.1
GCF_023721935.1
2.4 Gb
112.1 Mb
9
179.5 kb
3,996
У большинства кошек, в том числе и у снежного барса, в кариотипе 38 хромосом (2 * 19). Число скэффолдов - 2635, а число контигов - 26421.
Небольшие пояснения к таблице с данными:
N50: Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины.
L50: Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки.
Скачивание сборки генома, аннотации и предсказанных белковых последовательностей выбранного организма
Ниже я представлю названия необходимых файлов для скачивания (мой компьютер не смог справиться со скачиванием столь больших файлов).
GCA_023721935.1_Puncia_PCG_1.0_genomic.fna.gz (Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA))
GCA_023721935.1_Puncia_PCG_1.0_genomic.gbff.gz (Последовательности генома с аннотацией (GBFF))
GCA_023721935.1_Puncia_PCG_1.0_protein.faa.gz (Последовательности белков (в формате FASTA))
