Практикум 11. Домашнее задание

Выбор семейства доменов из Pfam для анализа

Я выбрала PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) в качестве семейства для работы в рамках практикума.

Краткое описание семейства

• AC: PF00004
• ID: AAA
• Seed: 207
• Full: 182497

Белки семейства AAA часто выполняют шапероноподобные функции, способствуя сборке, функционированию или разборке белковых комплексов.

Подсемейство было выделено по доменной архитектуре: PF00004-PF17862.

Ниже приведены команды, которые выполнялись в консоле:

• hmm2build -f out.hmm mafft.fa (построение профиля по seed подсемейства при помощи HMMER2)
• hmm2calibrate out.hmm (калибровка)
• hmm2search --cpu=1 out.hmm protein-matching-PF00004.fasta (без порога)
• hmm2search --cpu=1 -T 200 out.hmm protein-matching-PF00004.fasta (поиск по аннотированным последовательностям семейства с порогом 200)

Ниже представлена таблица с численными характеристиками выделения подсемейства профилем: