Практикум 2. Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев
Реконструкция филогенетического дерева тремя способами
Для работы в рамках данного практикума я использовала данные из 1 практикума. Дерево, которое было получено в 1 практикуме, будет референсом для полученных деревьев в нынешнем практикуме.
Построение выравнивание цитохромов B из выбранных животных
Для начала мне нужно было построить выравнивание цитохромов B для выбранных мною животных. Я решила это делать на kodomo следующим образом:
Создала рабочую папку term4, внутри которой создала подпапку practice2
В этой папке я создала файл cyb.list, с которым в дальнейшем работала
Далее мною была использована команда seqret @cyb.list cyb.fasta, результатом которой стал файл cyb.fasta
После этого была использована команда для выравнивания muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta, результатом которой стал файл cyb-alignment.fasta
Реконструкция дерева программой FastME
Для того, чтобы перевести файл в формат phylip-relaxed я использовала следующий код на Python. Файл был назван cyb.phy.
После этого на kodomo я использовала следующие программы для реконструкции деревьев при помощи FastME:
fastme -i cyb.phy -pp-distance -o p-distance
fastme -i cyb.phy -pMtREV -o MtREV
Реконструкция дерева программой IQ-Tree
Для того, чтобы построить дерево при помощи IQ-Tree использовалась следующая программа:
iqtree -s cyb.phy
Результатом данной программы были разные файлы, но для дальнейших манипуляций использовался файл cyb.phy.treefile.
Работа в iTOL
Дальнейшая часть работы практикума производилась на сайте iTOL, за счёт загрузки полученных ранее файлов.
Исходя из полученных результатов были получены следующие результаты:
Деревья p-distance и MtREV абсолютно идентичные: 1)в них нет разделения на семейства Caniformia и Feliformia, что в принципе ведет к странной реконструкции дерева; 2)Lutra lutra и Mustela erminea не считаются близкими родственниками
Дерево cyb.phy.treefile вообще строит трихотомию, потому что отделяет Ursus arctos и Ailuropoda melanoleuca друг от друга, плюс здесь такая же ситуация, как в p-distance и MtREV с представителями Musteloidea
