Целью данного практикума было построить для организмов, выбранных в 1 практикуме, филогенетическое деревья по последовательностям 12S рРНК и сравнить его с референсном.
Для каждого из организмов была найдена запись митохондриального генома и в этой записи найдены координаты гена 12S рРНК. Мне повезло с тем, что у всех моих животных был полностью отсеквенированный митохондриальный геном и не было ничего reversed.
С помощью seqret были вырезаны соответствующие последовательности генов по их координатам, а с помощью cat последовательности были собраны в один файл. Пример использования для Canis lupus:
Далее было построено выравнивание с помощью программы muscle:
Выравнивание было переформатировано в формат phylip-relaxed кодом из 2 практикума.
С помощью программы fastme было построено филогенетическое дерево:
Ниже представлено полученное укорененное изображение в программе iTOL:
После постройки дерева и сравнения его с референсом можно сделать вывод, что была разобщена тетрахомия ветвей (PUSSI, ZALCA), (MUSER, LUTLU), (AILME, URSAR), (VULLA, CANLU).
В качестве внешней группы я выбрала организм расположенный далеко относительно всех описываемых организмов. Все выбранные организмы относятся к Млекопитающим, поэтому внешней группой стал представитель Рептилий Caiman crocodilus (CAICR; AC:MT554050). После реконструкции дерево было укоренено в ветвь, отделяющую каймана от всех остальных.
После постройки дерева и сравнении его с референсом, можно сказать, что укоренение прошло удачно, поскольку все остальные клады остались на своих местах.
Для оценки достоверности построенных ветвей филогенетического дерева используется бутстреп. Он показывает, насколько устойчива каждая ветвь: чем чаще конкретная ветвь появляется в повторных выборках, тем выше её поддержка. В рамках практикума я использовала 100 реплик бутстрепа (максимально возможная поддержка для ветви - 100). Чем ближе значение поддержки к 100, тем более надёжной считается соответствующая ветвь.
Для бутстрепа использовалась следующая команда (до добавления крокодила в файл):
Ниже представлено изображение из программы iTOL:
По результатам бутсрепа можно сделать вывод, что разделение тетрахомии, о которой я писала выше, не имеет большой гарантии.