В качестве сигнала я выбрала OriC участок инициации репликаци и у бактерий (Участок ДНК примерно 250 п.н. со многими сайтами определенной последовательности). Адресован сигнал:
У бактерий имеется только один ориджин репликации (OriC), поэтому, если сигнал от него не распознаётся или воспринимается слабо, это может привести к задержке или полному отсутствию инициации репликации ДНК. Это негативно влияет на рост и деление бактериальной клетки, снижая её жизнеспособность. Следовательно, можно заключить, что сигнал от OriC должен быть достаточно сильным, чтобы обеспечить надежное начало репликации.
Для работы в рамках практикума для поиска oriC использовалась программа Ori-Finder 2022. Ниже представлено изображение с алгоритмом работы программы:
Если словами интерпретировать картинку, то алгоритм работает следующим образом:
Теперь проверим работу программы на каком-нибудь организме. В качестве примера я возьму Yersinia pestis KIM10+, так как она является достаточно близким родственником E.coli и на ней показана работа программы, в качестве примера.
Ниже представлены изображения с вводными данными (всё выставлялось также, как и в примере на сайте):
Ниже представлена выдача программы:
Результаты анализа генома Yersinia pestis:
Примечание: Из-за кольцевой организации генома координаты рассчитывались с корректировкой на круговой характер репликации.
Если посмотреть на изображение кольцевого генома Y. pestis (изображение взято из Google, потому что Яндекс не хотел искать изображение кольцевого генома), то можно сделать вывод, что программа правильно предсказала координаты ориджина репликации.