Белки DHAS_ECOLI и DHAS_HAENI, как показала программа, очень близки. Видимо в связи с этим счет и показатель идентичности оказались равными. что при глобальном, что при локальном выравниваниях. При локальном, Identity немного больше, поскольку программа отрезала задний конец последовательностей.

Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки.

Needle выдает почти полное отсутсвие эдентичности - 5.2%. И это логично, потомучто программа сравнивает всю последовательность DHAS_ECOLI с маленьким таким кусочком, этой самой последовательности. Следовательно, программа находит и выравнивает две вырезки из моего белка, а все остальное для нрее - гэпы: 348/367 (94.8%).

Water, в силу алгоритма, так не поступает. Он находит и вырезает куски с максимальной гомологией, поэтому и длина выравнивания - 20.
Matcher привел первым в списке лучших выравнивание, аналогичное полученному water'ом. Вторые два - случайные совпадения (Identity ~ 50%).