Белки DHAS_ECOLI и DHAS_HAENI, как показала программа, очень близки. Видимо в связи с этим счет и показатель идентичности оказались равными. что при глобальном, что при локальном выравниваниях. При локальном, Identity немного больше, поскольку программа отрезала задний конец последовательностей.
needle |
water |
|
| Lenght Identity Similarity Gaps Score |
371 266/371 (71.7%) 313/371 (84.4%) 4/371 ( 1.1%) 1415.0 |
369 266/369 (72.1%) 313/369 (84.8%) 3/369 ( 0.8%) 1415.0 |
Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки.
Needle выдает почти полное отсутсвие эдентичности - 5.2%. И это логично, потомучто программа сравнивает всю последовательность DHAS_ECOLI с маленьким таким кусочком, этой самой последовательности. Следовательно, программа находит и выравнивает две вырезки из моего белка, а все остальное для нрее - гэпы: 348/367 (94.8%).
needle |
water |
|
| Lenght Identity Similarity Gaps Score |
367 19/367 ( 5.2%) 19/367 ( 5.2%) 348/367 (94.8%) 87.0 |
20 19/20 (95.0%) 19/20 (95.0%) 1/20 ( 5.0%) 87.0 |
Water, в силу алгоритма, так не поступает. Он находит и вырезает куски с максимальной гомологией, поэтому и длина выравнивания - 20.
Matcher привел первым в списке лучших выравнивание, аналогичное полученному water'ом. Вторые два - случайные совпадения (Identity ~ 50%).
DHAS_ECOLI |
DIERKVTTLTRSGELPVDNF | Lenght Identity Similarity Gaps Score |
20 19/20 (95.0%) 19/20 (95.0%) 1/20 ( 5.0%) 83 |
|
| ::::::::::: :::::::: | ||||
XXX |
DIERKVTTLTR-GELPVDNF |
Параметры программ построения выравниваний.
Видимо из-за того что я склеил последовательность из слишком близких кусков, изменение параметров влияет только на счет. Все остальные показатели остаются постоянными.
Карта локального сходства.
Результаты работы Dotmatcher смотреть приятней, но не сказать что удобней. Все же needle и water дают больше информации. Программа выравнивает отрезки последовательности длинной, задаваемой параметром windowsize. Логично, что минимальный размер - 3. Для отсеивания мысора предусмотрен параметр threshhold, который устанавливает минимальный вес выравнивания для попадания в результаты. При уменьшении размера окна до минимума (windowsize=3) программа пасует. При больших значениях появляется результат: при 5-ти – короткие палочки, при 10-ти – более длинные палочки с перкрытием, при 15-ти – вообще полное перкрытие. Видимо перекрытие - и есть выравнивание:
| windowsize = 5 |  |
windowsize = 10 |
 |
windowsize = 15 |
 |
Чем меньше threshhold, тем больше случайных совподений. Правда при больших значениях результат получается нулевым – просто моя последовательность из-за своей ограниченной длинны никак не могла набрать такой вес (threshhold = 60):
| threshhold = 15 |  |
| threshhold = 23 | |
| threshhold = 40 |  |