Занятие 4. Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

#1 Определение тРНК, использованой рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка DHAS_ECOLI

В четвертой позиции в моем белке стоит валин. Из таблицы генетического кода следует, что третья позиция вырожденная.

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка MALK_ECOLI		Val
Соответствующий кодон		5'-GTT-3'
Идеальный антикодон		5'-AAC-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка Val (опираясь на генетический код)		4
Сколько тРНК для остатка Val аннотировано в геноме кишечной палочки?		7
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
	Название гена	valT
	Координаты гена в записи EMBL	780021..780023
	Антикодон	UAC

Команда, использованная для поиска всех валиновых тРНК в геноме:
grep "anticodon.*valine" ecoli.embl > result

Содержание полученного файла:
FT /note="codons recognized: GUD; anticodon: UAC valine tRNA1;
FT /note="codons recognized: GUD; anticodon: UAC valine tRNA1;
FT /note="codons recognized: GUY; anticodon: GAC valine
FT /note="codons recognized: GUY; anticodon: GAC valine
FT /note="codons recognized: GUD; anticodon: UAC valine tRNA1;
FT /note="codons recognized: GUD; anticodon: UAC valine tRNA1;
FT /note="codons recognized: GUD; anticodon: UAC valine tRNA1;

Идеального антикодона в выдаче нет. Думаю это связан ос вырожденностью третьей позиции кодона (соответственно первая позиция антикодона).

Содержание описания в ecoli.embl:
FT tRNA 779988..780063
FT /gene="valT"
FT /locus_tag="b0744"
FT /product="tRNA-Val"
FT /anticodon=(pos:780021..780023,aa:Val)
FT /note="codons recognized: GUD; anticodon: UAC valine tRNA1;
FT go_component: cytoplasm [goid 0005737]; go_process: tRNA
FT metabolism [goid 0006399]"

Команда, использовавшаяся для извлечения последвательности тРНК из записи EMBL:
seqret ecoli.embl -sask

#2 Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии

Программа			FastA	BLASTN	MegaBLAST	Discontigous MegaBLAST
Число находок с Е-value < 0,001			0	0	0	0
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки		0.013	2.3	2.3	2.3
	Номер сектора генома			148	148	148
	AC соответствующей записи EMBL		AE006707	AE006789	AE006789	AE006789
	координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL		7341-7401	1269 - 1281	1269 - 1281	1269 - 1281

Поиск гомологов тРНК валина бактерии Escherichia coli в геноме Sulfolobus solfataricus не дал результатов. Т.к. ни одна из представленных в этой работе программ BLAST и программа fastA не предназначены для этого. Они работают со словами большой длины, не имеют матриц замен (за исключением fastA), что осложняет поиск гомологичных нуклеотидных последовательностей. Ситуация усугубляется тем что исследуется геном археобактерии. Ни одна из представленных программ не позволяет находить отдаленных гомологов.