DNA forms

	A-форма	B-форма	Файл dna26.pdb
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Правая
Шаг спирали (Å)	28,03	33,75	31.07
Число оснований на виток	11	10	10
Ширина большой бороздки	18.5 (GA5)	11.7 (GA7)	17.0(GG6)
Ширина малой бороздки	17.2	17.2	15.9

На основе полученных данных можно сделать вывод что В-форма короче в 1.2040670709953621120228326792722 раз. Мне было крайне непросто выполнять задание ввиду неясного обьяснения понятия ширины борозды, поэтому значения приведенные в таблице копируют значения из файлов выдачи программы find_pair. ДНКа в dna26.pdb является A-формой. Стоит заметить что величина шага спирали и числа нуклеотидов на виток в эталонной спирали и в dna26 не совпали. Скорее всего это связано с тем что dna26 коротка и ее концы как-будто "болтаются", это можно проследить если посмотреть на нее с торца при выделенных атомах фосфора (или других атомов) — их нельзя совместить при взгляде с торца.

При анализе торсионных углов можно окончательено убедиться в "неправильности" dna26 — ее наборы торсионных углов, в отличии от эталонных цепочек, не равны у всех оснований, а постоянно меняются, поэтому и цепь получается неровной. Почему это так,я могу лишь предполагать. При создании синтетической цепи такого же состава получается идеальная цепь, тоесть форма не является следствием нуклеотидного состава. Следовательно dna26 является нестандартной цепью или подверглась каком-либо воздействиям.

В выдаче программы analyze мне показались интересными ответы на вопросы начала практикума. Остальная часть данных ввиду отсутсвия необходимости в рамках занятия не подверглась глубокому изучению, к сожалению.

Я не могу сказать как именно интерпретирует программа pdb2img структурные данные. Кроме спиральности и примерной общей формы молекулы глядя на полученные изображения я извлечь не могу. Возможно, опять таки из-за не знания механизма работы, а, в частности, того что именно выбирают для представления в виде пластинки.

Занятие 7. A- и B-формы ДНК