Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

Поиск по SMART выдал два домена. Был выбран левый, он же Semialdhyde_dh (Semialdhyde_dh.msf).

Фрагмент эталонного выравнивания из SMART, обрезанный для исследования (benchmark.msf):

Глобальное множественное выравнивание, полученное с помощью программы emma по алгоритму ClustalW (clustalw.msf), было раскрашено. Оражевым выделены совпавшие с benchmark.msf. Незначимые участки CrustalW вырезаны:

*

2

0

*

4

0

*

6

0

DHAS_LEPIN

:

-

M

S

R

V

K

V

A

V

L

G

A

T

G

S

V

G

Q

R

F

I

Q

L

L

D

H

H

P

F

-

F

E

V

T

H

L

C

A

S

E

N

S

A

G

K

T

Y

G

E

V

M

K

T

R

W

K

I

S

S

D

I

P

A

Y

A

:

6

3

USG_AZOVI

:

M

S

P

A

I

D

I

A

I

V

G

A

T

G

T

V

G

A

A

I

V

E

I

L

E

E

R

D

F

P

V

G

Q

L

H

L

L

A

S

P

A

S

A

G

K

S

V

S

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

F

K

G

R

-

:

5

2

Q8XJ57_CLOPE

:

-

-

-

M

Y

N

V

A

I

V

G

A

T

G

N

V

G

R

K

F

L

E

I

L

E

E

R

N

F

P

V

K

E

L

Y

L

F

A

S

K

R

S

A

G

K

T

L

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

K

F

K

G

E

D

:

5

0

Q6KZA0_PICTO

:

-

M

S

K

I

R

V

S

L

L

G

S

T

G

M

V

G

Q

K

M

V

R

L

L

E

N

H

P

Y

-

I

E

L

A

K

V

S

A

S

P

N

N

T

G

K

R

Y

-

-

I

D

A

V

R

W

V

E

N

S

E

I

P

E

Y

V

:

6

1

Q9X1L1_THEMA

:

-

-

M

K

V

K

V

G

V

V

G

A

T

G

E

V

G

R

T

M

V

K

V

L

E

E

F

N

V

P

V

T

E

L

R

L

F

A

S

E

R

S

V

G

K

E

I

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

E

F

K

G

E

K

:

5

1

6

6

6

G

a

T

G

V

G

6

6

L

e

6

A

S

s

G

K

Колонок в фрагменте SMART - 67
Совпало - 42 (желтые буквы)
ClustalW выравнял последовательности хорошо — консервативный участок во всех последовательнастях благополучно найден, различия с зталонным выравниванием имется в конце выравнивания, в области с большими разницами в последовательностях белков, с большими гэпами. Нельзя сказать, что белки очень схожи (см. Матрицу попарной идентичности), но домен в их структуре явно выражен, потому и получилось хорошое выравнивание CrustalW.

Матрица попарной идентичности.

	Q8XJ57_CLOPE	Q9X1L1_THEMA	DHAS_LEPIN	Q6KZA0_PICTO	USG_AZOVI
Q8XJ57_CLOPE	100%
Q9X1L1_THEMA	49%	100%
DHAS_LEPIN	23%	21%	100%
Q6KZA0_PICTO	20%	21%	34%	100%
USG_AZOVI	28%	25%	19%	16%	100%

 

You also can Back