Из выдачи BLASTP были выбраны:


	E-value	Identities
DHAS_PSEAE	3e-149	69%
DHAS_BUCBP	6e-140	66%
DHAS_NEIMB	2e-138	65%
DHAS_AZOVI	4e-133	65%
DHAS_BUCAP	2e-132	62%

Фрагмент выравнивания, использовавшийся для создания паттернов:

*

D

H

A

S

_

E

C

O

L

I

:

V

E

E

R

D

F

D

A

I

R

P

V

F

F

S

T

S

:

1

7

D

H

A

S

_

P

S

E

A

E

:

L

E

E

R

D

F

D

L

I

E

P

V

F

F

T

T

S

:

1

7

D

H

A

S

_

B

U

C

B

P

:

M

I

C

E

N

D

F

F

H

F

N

P

I

F

F

S

T

:

1

7

D

H

A

S

_

N

E

I

M

B

:

E

E

N

D

F

A

H

I

P

E

A

F

F

F

T

T

S

:

1

7

D

H

A

S

_

A

Z

O

V

I

:

L

E

E

R

D

F

D

L

I

E

P

V

F

F

T

T

S

:

1

7

D

H

A

S

_

B

U

C

A

P

:

M

Q

E

E

N

D

F

S

K

I

I

P

Y

F

F

S

T

:

1

7

F

3

3

Таблица из задания #2 - три паттерна разной силы:

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	V-E-E-R-D-F-D-A-I-R-P-V-F-F-S-T-S	6	нет
Сильный	[VLME]-[EQI]-[ECN]-[RED]-[DNF]-[FDA]-[DFH]-[ALFIS]-[IHPK]-[REFI]-[PNAI]-[VPF]-[FYI]-F-[STF]-[TS](2)	12	да
Слабый	[NDEQF]-x(7)-F(2)-[TS](3)	109	да

Как мы видим, только сильный паттерн дал стопроцентный результат, что не удивительно. Возможно слабый паттерн уж слишком слабый, своей задачи он не выполняет - помимо необходимых белков, находится много, которые возможно найдены из-за случайных совпадений, т.к. фактически поиск проводился по строгому (консервативному) концу паттерна . Причиной стало, видимо, обрезка переднего конца сильного паттерна, который был довольно консервативен.

You also can Back