Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt:
Параметры программы blastp:
Параметры лучших находок:-Без учёта особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments).
-Фильтрование областей низкой сложности присутствует (Low complexity).
-Максимальное значение E-value — 10.
-Максимальное количество находок — 1000.
| Кол-во | E-value лучшей находки | Название лучшей находки (ID) | Идентичность (%) | Длина выравнивания | |
| Всего находок | 117 | 5*10-82 | LGB1_LUPLU | 100 | 154 |
| В бактериях (Bacteria) | 36 | 1*10-6 | HMP_RHIME | 29 | 117 |
| В Escherichia coli K-12 | none | - | - | - | - |
| В животных (Metazoa) | 26 | 2*10-6 | NGB_BRARE | 25 | 141 |
| В человеке | 3 | 5,8 | CRNL1_HUMAN | 28 | 78 |
В кишечной палочки ничего не найдено. Для человека получено 3-и результата. Возможно из-за специфичной функции белка он не был найден е E_coli, в человеке данную функцию (перенос кислорода) выполняют некоторыми белками. Для результатов поиска и белка специфичны некие активные учаски, которые и обуславливают процент идентичности 28%.
Поиск гомологов LGB1_LUPLU(P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST:
| Бактерии |
Животные
|
Характеристика лучшей находки среди белков
|
||||||||||
| Escherichia coli, K-12 | Homo sapiens sapiens | |||||||||||
|
|
Кол-во |
Новые | Кол-во | Новые |
Название |
E-value |
Идентичность |
Длина выравнивания |
Название |
E-value |
Идентичность |
Длина выравнивания |
|
#1
|
21(36) | +21 | 5(26) | +5 | none | CRNL1_HUMAN | 5,8 | 28% | 78 а.о. | |||
|
#2
|
38(50) | +17 | 332 | +327 | HMP_ECOLI | 1*10-29 | 20% | 148 а.о. | NGB_HUMAN | 2*10-19 | 21% | 143 а.о. |
|
#3
|
38(47) | – | 879(890) | +547 | HMP_ECOLI | 6*10-28 | 20% | 148 а.о. | HBG2_HUMAN | 8*10-45 | 18% | 150 а.о. |
|
#4
|
884(896) | +5 | HMP_ECOLI | 2*10-22 | 20% | 143 а.о. | HBE_HUMAN | 5*10-54 | 17% | 154 а.о. | ||
|
#5
|
884(894) | – | HMP_ECOLI | 2*10-22 | 19% | 143 а.о. | HBE_HUMAN | 5*10-54 | 17% | 154 а.о. | ||
Psi-Blast необходимо использовать для поиска далеких гомологов. Например BLATSp нашел всего три гомолога LGB1_LUPLU в человеке, в то время как Psi-Blast - 9 (#5 интерация), причем с гораздо меньшим E-value.
Первая интерация аналогична действиям blastP. Выводится для возможности пользователю сразу отфильтровать ненужные ему результаты и скоректировать поиск.
В результате 2-го упражнения было найдено большое количество белков из разнообразных таксонов. О схожести LGB1_LUPLU к находкам можно судить по сходности функций выполняемых этими белками (перенос кислорода).
После каждой интерации изменяется количесто находок, их E-value, иногда сама лучшая находка. Поскольку пользователь меняет формат вывода и на основе его действий программа корректирует поиск.
После просмотра результата создается новый профиль, на основе которого корректируются веса, что изменяет приоритет последовательность для программы.
You also can Back