Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Эталонное выравнивание доменов с указанием идентификатора семейства доменов:

*

2

0

*

4

0

*

6

0

*

8

0

D

H

A

S

_

A

R

C

F

U

:

-

-

-

-

-

-

M

R

Y

S

V

G

V

L

G

A

T

G

M

V

G

Q

K

F

I

Q

M

L

A

E

H

P

W

F

K

L

T

S

L

A

A

S

E

R

R

V

G

K

K

Y

G

E

E

V

D

W

I

V

S

R

E

V

P

D

I

A

K

D

I

E

M

V

P

M

D

P

K

H

V

-

-

:

7

3

D

H

A

S

_

M

E

T

T

H

:

-

-

-

-

-

-

-

M

V

N

V

G

V

L

G

A

T

G

M

V

G

Q

R

F

I

Q

M

L

D

K

H

P

E

F

E

L

T

T

L

A

A

S

S

R

S

A

G

K

P

Y

G

E

V

A

N

W

Y

L

D

C

E

M

P

E

S

V

R

D

M

E

V

V

E

T

D

P

S

A

V

G

-

:

7

3

D

H

A

S

_

M

E

T

J

A

:

M

S

K

G

E

K

M

K

I

K

V

G

V

L

G

A

T

G

S

V

G

Q

R

F

V

Q

L

L

A

D

H

P

M

F

E

L

T

A

L

A

A

S

E

R

S

A

G

K

K

Y

K

D

A

C

Y

W

F

Q

D

R

D

I

P

E

N

I

K

D

M

V

V

I

P

T

D

P

K

H

E

E

F

:

8

1

D

H

A

S

_

S

C

H

P

O

:

-

-

-

-

-

M

A

I

K

K

V

G

I

L

G

A

T

G

T

V

G

Q

R

F

I

T

L

L

S

D

H

P

E

F

K

I

A

V

L

G

A

S

A

R

S

A

G

K

P

Y

A

V

A

T

K

W

K

Q

S

I

A

M

P

K

E

I

S

Q

M

S

V

K

A

C

D

P

K

E

F

S

-

:

7

5

D

H

A

S

_

Y

E

A

S

T

:

-

-

-

-

M

A

G

K

K

I

A

G

V

L

G

A

T

G

S

V

G

Q

R

F

I

L

L

L

A

N

H

P

H

F

E

L

K

V

L

G

A

S

S

R

S

A

G

K

K

Y

V

D

A

V

N

W

K

Q

T

D

L

L

P

E

S

A

T

D

I

I

V

S

E

C

K

S

E

F

F

K

-

:

7

6

v

G

6

L

G

A

T

G

V

G

Q

4

F

6

6

L

H

P

F

6

L

A

S

R

s

a

G

K

Y

W

6

P

d

6

6

d

p

*

1

0

0

*

1

2

0

*

1

4

0

*

1

6

0

D

H

A

S

_

A

R

C

F

U

:

-

D

A

D

I

V

F

S

A

L

P

S

D

I

A

R

E

V

E

P

K

F

A

E

A

G

F

V

V

A

S

N

A

S

A

Y

R

M

A

E

D

V

P

L

V

I

P

E

V

N

P

E

H

L

G

L

I

E

V

Q

K

K

N

R

G

W

D

G

-

-

-

-

-

F

I

V

T

N

P

N

C

:

1

4

8

D

H

A

S

_

M

E

T

T

H

:

-

D

V

D

I

L

F

S

A

L

P

A

D

V

A

R

K

V

E

P

K

F

A

E

K

-

Y

I

V

A

S

N

A

S

A

M

R

M

E

P

D

V

P

L

V

I

P

E

V

N

P

E

F

L

D

L

I

E

V

Q

Q

R

R

R

G

W

D

G

-

-

-

-

-

F

I

V

T

N

P

N

C

:

1

4

7

D

H

A

S

_

M

E

T

J

A

:

E

D

V

D

I

V

F

S

A

L

P

S

D

L

A

K

K

F

E

P

E

F

A

K

E

G

K

L

I

F

S

N

A

S

A

Y

R

M

E

E

D

V

P

L

V

I

P

E

V

N

A

D

H

L

E

L

I

E

I

Q

R

E

K

R

G

W

D

G

-

-

-

-

-

A

I

I

T

N

P

N

C

:

1

5

7

D

H

A

S

_

S

C

H

P

O

:

-

E

C

D

I

V

F

S

G

L

D

A

D

F

A

G

E

I

E

K

S

F

R

D

A

N

L

V

I

V

S

N

A

K

N

Y

R

R

E

P

T

V

P

L

V

V

P

T

V

N

T

D

H

L

D

V

I

K

Y

Q

R

Q

E

N

K

L

D

R

-

-

-

-

G

C

I

I

T

N

S

N

C

:

1

5

1

D

H

A

S

_

Y

E

A

S

T

:

-

E

C

D

I

V

F

S

G

L

D

A

D

Y

A

G

A

I

E

K

E

F

M

E

A

G

I

A

I

V

S

N

A

K

N

Y

R

R

E

Q

D

V

P

L

I

V

P

V

V

N

P

E

H

L

D

I

V

A

Q

K

L

D

T

A

K

A

Q

G

K

P

R

P

G

F

I

I

C

I

S

N

C

:

1

5

6

D

I

6

F

S

L

D

A

E

F

6

S

N

A

y

R

e

d

V

P

L

6

6

P

V

N

h

L

6

6

q

d

g

I

6

t

n

N

C

*

1

8

0

*

2

0

0

*

2

2

0

*

2

4

0

D

H

A

S

_

A

R

C

F

U

:

T

T

I

V

L

V

L

S

L

K

P

L

M

D

L

G

-

-

L

R

T

V

R

V

A

S

M

Q

A

L

S

G

A

G

Y

-

P

G

V

P

S

L

A

I

T

D

N

V

I

P

F

I

K

G

E

E

D

K

V

E

E

E

P

L

K

L

L

G

-

-

-

-

-

K

F

N

G

R

K

I

E

:

2

2

1

D

H

A

S

_

M

E

T

T

H

:

S

T

I

A

L

T

L

T

L

K

P

I

Y

D

A

Y

T

-

I

K

R

V

Y

V

S

T

M

Q

A

V

S

G

A

G

Y

-

N

G

V

P

S

M

A

I

L

D

N

L

V

P

F

I

G

G

E

E

E

K

I

E

T

E

T

L

H

L

L

G

-

-

-

-

-

E

L

D

E

G

V

V

K

:

2

2

1

D

H

A

S

_

M

E

T

J

A

:

S

T

I

C

A

V

I

T

L

K

P

I

M

D

K

F

G

-

L

E

A

V

F

I

A

T

M

Q

A

V

S

G

A

G

Y

-

N

G

V

P

S

M

A

I

L

D

N

L

I

P

F

I

K

N

E

E

E

K

M

Q

T

E

S

L

K

L

L

G

-

-

-

-

-

T

L

K

D

G

K

V

E

:

2

3

1

D

H

A

S

_

S

C

H

P

O

:

S

T

A

A

V

V

V

P

L

K

A

L

Q

D

A

F

G

P

I

A

Q

T

N

V

V

S

M

Q

A

I

S

G

A

G

Y

-

P

G

V

S

S

L

D

I

L

D

N

I

V

P

F

I

G

G

E

E

E

K

I

E

W

E

T

R

K

I

L

G

-

-

-

S

V

N

S

T

I

S

G

Y

E

:

2

2

8

D

H

A

S

_

Y

E

A

S

T

:

S

T

A

G

L

V

A

P

L

K

P

L

I

E

K

F

G

P

I

D

A

L

T

T

T

T

L

Q

A

I

S

G

A

G

F

S

P

G

V

P

G

I

D

I

L

D

N

I

I

P

Y

I

G

G

E

E

D

K

M

E

W

E

T

K

K

I

L

A

P

L

A

E

D

K

T

H

V

K

L

L

T

:

2

3

7

3

T

v

L

K

p

6

d

6

3

6

Q

A

6

S

G

A

G

5

G

V

p

s

6

I

l

D

N

6

6

P

5

I

g

E

E

K

6

2

E

k

6

L

g

*

2

6

0

*

2

8

0

*

3

0

0

*

3

2

0

D

H

A

S

_

A

R

C

F

U

:

F

A

D

I

K

V

S

A

S

C

H

R

V

P

V

I

D

G

H

T

E

A

V

W

V

E

F

D

R

E

-

-

V

S

V

E

E

A

K

A

A

F

E

S

L

K

-

-

-

-

P

L

D

L

P

T

S

P

E

K

V

I

I

V

R

E

E

-

-

P

D

R

P

Q

P

R

L

D

R

D

A

:

2

9

4

D

H

A

S

_

M

E

T

T

H

:

P

A

S

F

G

V

S

A

S

C

H

R

V

P

V

V

D

G

H

T

E

A

V

F

I

E

L

D

D

E

-

-

F

D

I

D

D

V

R

E

A

M

D

K

F

R

G

L

P

Q

K

L

G

L

H

S

A

P

E

K

P

V

V

V

R

D

E

-

-

E

N

R

P

Q

P

R

M

D

R

D

M

:

2

9

8

D

H

A

S

_

M

E

T

J

A

:

L

A

N

F

K

I

S

A

S

C

N

R

V

A

V

I

D

G

H

T

E

S

I

F

V

K

T

K

E

G

-

-

A

E

P

E

E

I

K

E

V

M

D

K

F

D

P

-

-

L

K

D

L

N

L

P

T

Y

A

K

P

I

V

I

R

E

E

-

-

I

D

R

P

Q

P

R

L

D

R

N

E

:

3

0

6

D

H

A

S

_

S

C

H

P

O

:

L

T

D

N

V

V

S

A

Q

C

N

R

V

P

V

I

D

G

H

L

M

C

I

S

V

K

F

A

K

T

-

S

P

T

P

D

Q

V

R

E

V

L

A

N

Y

V

S

E

P

Q

K

L

G

C

Y

S

A

P

K

Q

A

I

Y

V

F

D

D

S

T

P

D

R

P

Q

P

R

L

D

R

N

N

:

3

0

8

D

H

A

S

_

Y

E

A

S

T

:

P

E

E

I

K

V

S

A

Q

C

N

R

V

A

V

S

D

G

H

T

E

C

I

S

L

R

F

K

N

R

P

A

P

S

V

E

Q

V

K

T

C

L

K

E

Y

V

C

D

A

Y

K

L

G

C

H

S

A

P

K

Q

T

I

H

V

L

E

Q

-

-

P

D

R

P

Q

P

R

L

D

R

N

R

:

3

1

6

6

S

A

C

R

V

V

D

G

H

t

e

6

6

4

k

l

p

6

6

1

R

P

Q

P

R

6

D

R

1

*

3

4

0

*

3

6

0

*

D

H

A

S

_

A

R

C

F

U

:

G

N

G

M

S

I

T

V

G

R

I

R

K

D

G

E

R

G

-

-

L

K

Y

I

V

L

G

H

N

T

V

R

G

A

A

G

A

S

I

L

N

A

E

L

M

I

K

E

K

I

I

:

3

4

3

D

H

A

S

_

M

E

T

T

H

:

D

G

G

M

A

V

T

V

G

R

L

R

E

D

A

A

F

K

N

S

L

R

Y

V

L

V

G

H

N

T

V

R

G

A

A

G

A

S

I

L

N

A

E

L

I

N

E

I

L

-

-

:

3

4

7

D

H

A

S

_

M

E

T

J

A

:

G

N

G

M

S

I

V

V

G

R

I

R

K

D

P

I

F

D

-

-

V

K

Y

T

A

L

E

H

N

T

I

R

G

A

A

G

A

S

V

L

N

A

E

Y

F

V

K

K

Y

I

-

:

3

5

4

D

H

A

S

_

S

C

H

P

O

:

E

N

G

Y

A

V

S

V

G

R

I

R

S

D

S

I

F

D

-

-

I

K

F

V

S

L

V

H

N

T

V

L

G

A

A

G

A

G

I

L

N

A

E

V

A

V

K

K

G

L

M

:

3

5

7

D

H

A

S

_

Y

E

A

S

T

:

D

S

G

Y

G

V

S

V

G

R

I

R

E

D

P

L

L

D

-

-

F

K

M

V

V

L

S

H

N

T

I

I

G

A

A

G

S

G

V

L

I

A

E

I

L

L

A

R

N

L

I

:

3

6

5

G

6

V

G

R

6

R

D

4

6

H

N

T

6

G

A

A

G

a

6

L

n

A

E





ID	Домен	Идентификатор Pfarm	Организм
DHAS_ARCFU	Semialdhyde_dh	PF01118	ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS
DHAS_METTH			METHANOCOCCUS JANNASCHII
DHAS_METJA			METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM
DHAS_SCHPO			SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (FISSION YEAST)
DHAS_YEAST			SACCHAROMYCES CEREVISIAE (BAKER'S YEAST)

Создание дерева по алгоритму UPGMA

Сравнение двух изображений дерева, построенных по алгоритму UPGMA вручную

Итоговая скобочная формула: ((((DHAS_SCHPO:27.5,DHAS_ARCFU:27.5):5.25,DHAS_METTH:22.25):0.25,DHAS_METJA:22):1.69,DHAS_YEAST:23.6875);

С помощью предложенных программ были получены следующие деревья:



Левое, неукоренненое дерево, дает нам крайне скудную инбформацию - длины ветвей почти одинаковые, мы не можем сделать каких либо выводов относительно общего предка или о близости организмов. Правая, укорененная схема, более понятна и несет в себе болше информации о близости организмов.

Построение методом ближайших соседе получились аналогичными:



Чисто визуально — тоже самое, но второй метод выдал более правильные результаты:

DHAS_SCHPO И DHAS_YEAST выделены отдельной развилкой как в укоренненой, так и в неукоренненой схемах. Так и должно быть, поскольку в отличии от всех остальных, вышеупомянутые белки выделены из грибов. Но первый метод этого не важного факта не проилюстрировал.

You also can Back