????????????? ?????????? ????????? ?????? ?? ????????? ????????? ???????????

?? ?????? ?????? ?????? (??????????) ???? ??????? ?????? ? 64 ????????:

genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4

? ????? b.top ???? ??????????? ????? ??????? (64).

????? ??????? ????????? ?????? ? ?????? ?? ???????, ????? ???????? ???????? 2500 ??????? ????.

editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5

??????? ??????????? ????????? ???????:

grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2

mdrun -deffnm b_em -v

???????? ? ?????? ???????? ???? ???? spc ? ????????? ?? ???????:

ààààaaaaffffàààà

genbox -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s

grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1

mdrun -deffnm b_pr -v

????????? ???????? ???????????? ???? ????? 4.38e+05, ???????? (????? ???????????) - 6.45e+02.

??? ????? ???? ??????????? ?? ??????????????, ????? ???? ???? ???????? ?????????????:

mpirun -np 16 -maxtime 1200 /home/golovin/progs/bin/mdrun_mpi -deffnm b_md -v

  • ????????? ?? ?????? ????????

  • © ??????????? ????? 2019