Моделирование эволюции гена

Графическое изображение дерева

Видно, что данное дерево НЕ является ультраметрическим,
так как расстояние от корня до листа Е не равно расстояниям от корня до остальных листьев.
Скобочная форма:
((((А:17,В:17):33,(С:25,D:25):25):7,Е:47):43,F:100);
Длина гена: 573 нуклеотидных остатка.

Топология дерева

Топология дерева может быть изображена в форме таблицы:

A	B	C	D	E	F
*	*	.	.	.	.
.	.	*	*	.	.
*	*	*	*	.	.

"Звездообразное" неукорененное дерево

Прямоугольная кладограмма

   ________________________F
  |
  |
  |
  |
  |
  |
  |
__|
  |
  |
  |________________E
  |
  |           _____________C
  |          |
  |          |
  |__________|
  |          |
  |          |_____________D
  |			   
  |              __________B         
  |             |
  |             |
  |_____________|
		|
		|__________A

Построение эволюционной модели

Цель - получить последовательности, стоящиев узлах и листьях дерева, приведенного выше;
при условии что в позиции (1) стоит ген белка SODC_Ecoli.
Скрипт, позволяющий получить мутантные последовательности:

msbar 1_SODC_ECOLI_gene.fasta F_537_mut.fasta -point 4 -count 573 -auto 
msbar 1_SODC_ECOLI_gene.fasta 2_246_mut.fasta -point 4 -count 246 -auto 
msbar 2_246_mut.fasta 3_40_mut.fasta -point 4 -count 40 -auto 
msbar 2_246_mut.fasta E_269_mut.fasta -point 4 -count 269 -auto 
msbar 3_40_mut.fasta 4_189_mut.fasta -point 4 -count 189 -auto 
msbar 3_40_mut.fasta 5_143_mut.fasta -point 4 -count 143 -auto
msbar 4_189_mut.fasta A_97_mut.fasta -point 4 -count 97 -auto
msbar 4_189_mut.fasta B_97_mut.fasta -point 4 -count 97 -auto
msbar 5_143_mut.fasta C_143_mut.fasta -point 4 -count 143 -auto
msbar 5_143_mut.fasta D_143_mut.fasta -point 4 -count 143 -auto

Переукоренение

Выбор нового корня. Перерасчёт расстояний.

Вот так оно выглядит в виде филограммы:

           _______________________________143_____________________________________F
          |
          |
          |
    __4__(2)
   |      |
   |      |
__(1)     |_________________47____________E
   |
   |
   |                     _______25_______D
   |                    |
   |                    |
   |                    |
   |      _____25______(5)
   |     |              |
   |     |              |
   |     |              |_______25_______C
   |__3_(3)
         |
         |
         |
         |
         |
         |                 
         |                  _____________B
         |                 |
         |                 |    
         |_______33_______(4)   
                           |
                           |_____________A

Дерево не ультраметрическое, т.к. расстояния от корня до листьев не равны между собой.
Топология дерева может быть изображена в форме таблицы:

A	B	C	D	E	F
*	*	.	.	.	.
.	.	*	*	.	.
*	*	*	*	.	.

Скобочная форма:
(((А:17,В:17):33,(С:25,D:25):25):4,(Е:47, F:143):3);