Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

Цель задания – построить деревья на основе данных конечных
последовательностей (листьев), и сравнить результаты.
Использовались следующие программы:

по методу UGPMA с помощью программы eneighbor,
по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью той же программы eneighbor,
по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood) с помощью программы ednaml,
по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars.

Ветвь	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`ABCDEF`	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`110000`	+	+	+	+	+
`001100`	+	+	+	+	+
`111100`	+	+	+	+	+

Видно, что ни один из методов не ошибся, однако по одному опыту
нельзя говорить об их эффективности. Ниже приведены деревья, предложенные
каждой из указанных программ:

Neighbor-joining method

  +----------E         
  !  
--4-------------------------------F         
  !  
  !         +--A         
  !  +------1  
  !  !      +----B         
  +--3  
     !    +-----C         
     +----2  
          +-----D

(E:0.36825,F:1.05125,((A:0.09315,B:0.14765):0.23296,(C:0.18919, D:0.17131):0.16641):0.02481);

Maximum Likelihood method

  +---B         
  !  
  !          +-----------------------------------F         
  !       +--4  
  !       !  +---------E         
--1-------3  
  !       !    +-----D         
  !       +----2  
  !            +-----C         
  !  
  +---A

(B:0.11774,((F:1.18306,E:0.32692):0.08336,(D:0.19114, C:0.18182):0.15158):0.24861,A:0.13020);

Parsimony method

              +--F         
        +-----5  
        !     +--E         
     +--4  
     !  !     +--D         
  +--2  +-----3  
  !  !        +--C         
--1  !  
  !  +-----------B         
  !  
  +--------------A

((((F,E),(D,C)),B),A);

UPGMA method

                                       +------A         
                         +-------------1  
                         !             +------B         
                      +--3  
                      !  !         +----------C         
  +-------------------4  +---------2  
  !                   !            +----------D         
--5                   !  
  !                   +----------------------E         
  !  
  +------------------------------------------F

((((A:0.12040,B:0.12040):0.22961,(C:0.18025,D:0.18025):0.16976):0.02153, E:0.37154):0.34084,F:0.71238);

Хотя все алгоритмы дали в данном случае правильный результат, именно в
данном случае надежнее пользоваться методом UPGMA, так как он предполагает
использование молекулярных часов.