Oписание семейства доменов из Pfam

Информация
AC pfam PF20618
ID pfam Bacterial GPD, NAD-dependent C-terminal
#SEED 95
#All 11
#SW 0
#architectures 3
#3D 0
#eukaryota 3
#archaea 1
#bacteria 7

Для рассмотрения 3D структуры был взят атрофированный бактериальный Ig - домен (AC PF20578). Этот домен связан с PF02368, бактериальным иммуноглобулиноподобным доменом. Согласно предсказаниям структуры, члены этого семейства доменов потеряли несколько бета-цепей, обнаруженных на одном листе домена Ig. Этот домен обнаружен в широком спектре белков поверхности бактериальных клеток.

5ho0
Рис.1 домен в экстраклеточной α-L-арабинаназе из семейства гликозилгидролаз GH43 из бактерии Geobacillus stearothermophilus.

Карта локального сходства

Информация
доменная архитектура 1 PF01210 - PF20618
Белок с архитектурой 1 A0A1F5E6W7
доменная архитектура 2 PF01210 - PF07479 - PF20618
Белок с архитектурой 2 X7Z3P5

Наличие диагональной линии, хоть и прерывистой, свидетельствует о наличии значительного локального сходства между двумя белками. Прерывистая линия, состоящая из нескольких небольших сегментов, говорит о том, что сходство не является непрерывным по всей длине последовательностей. Это может быть вызвано наличием вставок или делеций в одной из последовательностей по отношению к другой.