Для отбора был указан вид организма, а также зависимость от температуры в разделе биофизико-химических свойств, поскольку исследуемая архея является гипертермофилом. По итогу было получено 2078 результатов. Была выбрана обратная гираза как одна из наиболее аннотированных.
Обратная гираза - это фермент, который вызывает положительное суперскручивание замкнутой кольцевой ДНК. Он характерен для термофильных организмов, в частности для гипертермофилов, то есть тех, для которых оптимальная температура роста — 80 °C и выше. Фермент обратная гираза содержит домен цинкового пальца, в котором два иона цинка помогают координировать ферментативную функцию. Биологические функции связаны с поддержанием стабильности генома при экстремальных условиях роста.
Всего по поиску только по имени белка выдает 1404 результата. Мне стало интересно, в каких ещё записях цинк упоминается в качестве кофактора. Для этого был введен запрос protein name: «reverse gyrase» and ChEBI term: «CHEBI:29105». Был найден 641 результат. Можно сделать вывод, что некоторые из обратных гираз могут использовать другие металлы (например, в некоторых записях был магний) или коферменты для своей активности, а не только цинк.
Далее мне захотелось посмотреть встречается ли данный фермент у эукариот. Был использован запрос: (protein_name:"reverse gyrase") AND (taxonomy_id:2759). Было получено 15 результатов, что совсем немного. Можно предположить, что функции, которые обратная гираза выполняет в прокариотах, обеспечиваются другими ферментами у эукариот.
Наконец, с помощью запроса: (taxonomy_id:49899) AND (ec:5.6.2.-) NOT "reverse gyrase" мне захотелось посмотреть сколько ещё ферментов моей археи имеют тот же код EC, что и обратная гираза. Было получено 6 результатов.