| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Motility protein A | MOTA_ECOLI | MOTA_BACSU | 235.5 | 26.1 | 43.1 | 33 | 8 |
| Methionyl-tRNA formyltransferase | FMT_ECOLI | FMT_BACSU | 664.5 | 42.7 | 56.1 | 24 | 4 |
| Molybdopterin synthase sulfur carrier subunit | MOAD_ECOLI | MOAD_ECOLI | 118.0 | 34.6 | 58.0 | 4 | 2 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Motility protein A | MOTA_ECOLI | MOTA_BACSU | 240.5 | 27.2 | 44.9 | 25 | 6 | 96.61 | 97.78 |
| Methionyl-tRNA formyltransferase | FMT_ECOLI | FMT_BACSU | 670.0 | 46.1 | 60.9 | 1 | 1 | 93.97 | 93.69 |
| Molybdopterin synthase sulfur carrier subunit | MOAD_ECOLI | MOAD_ECOLI | 118.0 | 34.6 | 58.0 | 4 | 2 | 100.00 | 100.00 |
Процент идентичности для каждого из белков выше 25, поэтому можно назвать их гомологичными.
Разница между глобальным и локальным выравниванием не велика, поэтому глобальное выравнивание вполне достаточно для оценки родства этих белков.
Некоторые пары букв могли быть не сопоставлены в глобальном выравнивании в связии с оптимизацией скоринга в разных алгоритмах.
| Algorithm | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| needle | RNC_ECOLI[1] | EFP_BACSU [2] | 23.0 | 12.6 | 19.5 | 175 | 13 | - | - |
| water | RNC_ECOLI | EFP_BACSU | 33.5 | 28.0 | 36.0 | 22 | 5 | 30.09 | 32.43 |
1. Elongation factor P
2. Ribonuclease 3
Очевидно, что рибонуклеаза 3 и фактор элонгации P - это неродственные белки. Очень низкий процент идентичности (12.6% для глобального и 28.0% для локального выравнивания) подтверждает это. Мизерный процент сходства (19.5% и 36.0% соответственно) также говорит об отсутствии значительной общей эволюционной истории между этими белками.
Глобальное выравнивание (алгоритм needle) в данном случае практически бесполезно. Очень низкий Score (23.0) и большое количество гэпов (175!) показывают, что алгоритм пытается "втиснуть" одну последовательность в другую, что не имеет биологического смысла.
Локальное выравнивание (алгоритм water) демонстрирует немного более высокий Score (33.5) и процент идентичности (28.0%). Однако это не свидетельствует о гомологии. Скорее всего, это результат случайного совпадения небольших участков последовательностей. Покрытие последовательностей очень низкое (около 30%), что подтверждает, что выравниваются только очень короткие регионы.
Полученные результаты позволяют сделать вывод, что рибонуклеаза 3 и фактор элонгации P не являются гомологами и не имеют общего предка. Сходство между ними, обнаруженное локальным выравниванием, скорее всего, является результатом случайных совпадений в аминокислотных последовательностях и не имеет биологического значения.
Мнемоника: MOTA
Полное имя белка: Motility protein A
Всего нашлось 15 белков, были выбраны: MOTA_TREPH, MOTA_AQUAE, MOTA_SALTY, MOTA_RHIME, MOTA_BPT4
Выравнивание было сделано в Jalview с помощью "Muscle with Defaults"
Не могу однозначно сказать, что выравнивание прошло хорошо, поскольку если же какие-то участки консервативности и присутсвуют, то разобросаны будто бы случайно и точечно. В связи с чем трудно выделить какие-то продолжительные участки с высокой консервативностью.
Стоит отметить, что MOTA_SALTY, MOTA_RHIME и MOTA_ECOLI имеют наибольшое число совпадений. Я это связываю с тем, что их длины наиболее схоже. Напротив можно заметить, что MOTA_BPT4 с наиболее отличающейся длиной выровнялся хуже всего.
Проект с выравниванием