С помощью инструментов пакета 3DNA были построены 3D модели A-, B- и Z-форм ДНК.
В сторону большой бороздки обращены атомы: С8, N7, C5, C6, N1, O6
В сторону малой бороздки обращены атомы: N9, C4, N3, C2, N2
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28 | 33,8 | 42,8 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 18,5(A/DA`14/P-B/DT`31/P) | 17,9(B/DT`31/P-A/DA`6/P) | 22,5(A/DG`5/P-B/DG`13/P) |
| Ширина малой бороздки | 8,0(B/DA`26/P-A/DG`9/P) | 11,7(A/DG`17/P-B/DC`28/P) | 8,7(B/DG`19/P-A/DG`7/P) |
Для анализа была скачана структура 1n78. С помощью программ пакета 3DNA были определны некоторые параметры структуры тРНК. Использованный конвеер:
find_pair -t 1N78_old.pdb stdout | analyze
Посмотрев файл 1N78_old.out, была получена следующая информация:
Номера нуклеотидов образующих стебли: (1-7 и 66-72); (10-13 и 22-25); (26-32 и 38-44); (48-52 и 60-64).
Неканонические пары: 2G-U71, 54U-A58, 55U-G18, 38A-C32, 44A-G26, 13U-G22, 08U-A46, 14A-A21, 15G-C48
Дополнительные водородные связи (вне стеблей): 55U-G18, 15G-C48, 19G-C56, 14A-A21, 08U-A46