Практикум 3

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

В этом задании нужно было предсказать вторичную структуру тРНК с помощью разных программ: find_pair, einverted, RNAfold (по алгоритму Зукера).

я проанализировала транспортную РНК (tRNA) с PDB ID 1FFY

Рис. 1 Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA.

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find _pair )	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 1-7 3' 5' 66-723'	5'1-7 3' 5' 57-63 3'	5' 1-7 3' 5' 67-73 3'
D-стебель	5' 10-13 3' 5' 22-253'
Т-стебель	5' 49-53 3' 5' 61-65 3'
Антикодоновый стебель	5' 26-32 3' 5' 38-44 3'	5' 23-32 3' 5' 40-49 3'
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	14	27

Таблица 1 Сравнение вторичных структур тРНК по различным данным.

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Используя Скрипт были найдены контакты атомов:

Контакты атомов белка с	полярные	неполярные	всего
остатками 2'-дезоксирибозы	1	30	31
остатками фосфорной кислоты	13	38	51
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	14	18
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Таблица 2. Количество различных ДНК-белковых контактов в 1r4o.

Результат работы nucplot:

Рис. 2. Схема ДНК-белковых контактов в 1r4o, полученная с помощью программы nucplot. Начало.

Рис. 3 Схема ДНК-белковых контактов в 1r4o, полученная с помощью программы nucplot. Конец.

На этих рисунках видно, в каком месте какая аминокислота взаимодействует с сахарофосфатным остовом.

461 остаток лизина образует наибольшее число контактов с ДНК, поэтому можно сказать, что он наиболее важен для распознования последовательности ДНК

Рис. 4 Лизин 461 (K461) в цепи A белка взаимодействует с гуанином 4 (dG4) в цепи C ДНК, образуя один полярный и два неполярных контакта с его основанием.