Выравнивание последовательностей цитохромов В животных, выбранных в практикуме, было выполнено на kodomo. Все команды практикума выполнены в директории term4/practice2.
muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta
Скрипт для перевода в формат phylip-relaxed лежит в файле convert_to_phylip.py. С помощью программы fastme (эволюционные расстояния рассчитывались по модели p-distance, затем MtREV) и IQ-Tree реконструируем деревья.
fastme -i cyb.phy -pp-distance -o cyb_pdistance.treefile
fastme -i cyb.phy -pMtREV -o cyb_mtrev.treefile
iqtree -s cyb.phy
Полученные реконструкции были загружены в iTOL и получены изображения. Все деревья укоренялись с помощью дерева видов
На дереве видов таксон IGUIG является сестринской группой к большой кладе, включающей в себя PANOS, ASPME, BOACO, MICMU, CROCP, DYMPI и NEUGI. На реконструированном (нижнем) дереве: CYB_IGUIG полностью выносится за пределы этой группы и образует внешнюю базальную ветвь (по отношению ко всей группе оставшихся таксонов). На реконструированном дереве ветви CYB_ALLNG, CYB_CLAFC, CYB_DANRE и CYB_CARAU не образуют четкую иерархическую структуру (как на верхнем дереве, где ALLNG и CLAFC — сестринские таксоны).
Таксон CYB_IGUIG по-прежнему неверно изолирован, а в группах CLAFC/ALLNG/DANRE/CARAU отсутствует топологическое сходство с эталоном.
Можно заметить, что в дереве видов присутсвуют две клады (ALLNG, CLAFC) и (CARAU, DANRE), кооторые отсутсвуют в дереве реконструированном с помощью iqtree. Вместо них в iqtree присутсвуют (ALLNG, DANRE) и (CLAFC, CARAU).