Практикум 2

Построение выравниваний цитохромов В

Выравнивание последовательностей цитохромов В животных, выбранных в практикуме, было выполнено на kodomo. Все команды практикума выполнены в директории term4/practice2.

muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta

Выравнивание последовательностей цитохромов В животных, выбранных в практикуме, было выполнено на kodomo.

muscle -align cyb.fasta -output cyb-alignment.fasta

Реконструирование

Скрипт для перевода в формат phylip-relaxed лежит в файле convert_to_phylip.py. С помощью команд fastme (модели p-distance, затем MtREV) и IQ-Tree реконструируем деревья.

fastme -i cyb.phy -pp-distance -o cyb_pdistance.treefile fastme -i cyb.phy -pMtREV -o cyb_mtrev.treefile iqtree -s cyb.phy

Построение в iTOL

Полученные реконструкции были загружены в iTOL и получены изображения

Рис. 1 Дерево видов (верхнее изображение) и дерево реконструированное с помощью fastme моделью p-distance.

Реконструкция по CYB (fastme, p-distance) полностью воспроизводит топологию дерева видов. Ошибок реконструкции не обнаружено.

Рис. 2 Дерево видов (верхнее изображение) и дерево реконструированное с помощью fastme моделью MtREV.

Топология полностью совпадает с деревом видов.

Рис. 3 Дерево видов (верхнее изображение) и дерево реконструированное с помощью iqtree.

Можно заметить, что в дереве видов присутсвуют две клады (ALLNG, CLAFC) и (CARAU, DANRE), кооторые отсутсвуют в дереве реконструированном с помощью iqtree. Вместо них в iqtree присутсвуют (ALLNG, DANRE) и (CLAFC, CARAU).