Для начала приведем некоторые характеристики c базы данных OPM и UniProt структуры, которая была выдана для анализа:
Название (рус.): Микросомальная простагландин E синтаза 1
Название (англ.): Microsomal prostaglandin E synthase 1
PDB ID: 3DWW
UniProt ID: O14684 · PTGES_HUMAN
Организм: Homo sapiens (человек)
Мембрана: мембрана эндоплазматического ретикулума
Функция: терминальный фермент циклооксигеназного (COX-2) пути синтеза простагландина E2. Катализирует глутатион-зависимое восстановление простагландина H2 до простагландина E2 в ответ на воспалительные стимулы. Играет ключевую роль в воспалении, лихорадке и болевом ответе.
Трансмембранные участки по OPM:
Белок состоит из 3 субъединиц, каждая содержит 4 ТМ сегмента:
Субъединица A: 1(12-36), 2(71-91), 3(96-116), 4(126-149)
Субъединица B: 1(14-37), 2(71-91), 3(96-116), 4(126-149)
Субъединица C: 1(12-37), 2(71-91), 3(96-116), 4(126-149)
Гидрофобная толщина мембраны: 31.9 Å, N-конец обращён в люменальную сторону.
Далее была скопирована последовательность со страницы структуры в UniProt из раздела Sequence, чтобы запустить DeepTMHMM.
DeepTMHMM предсказал 4 трансмембранных сегмента (13-33, 76-92, 97-118, 128-149), что полностью совпадает с числом сегментов по данным OPM (12-36, 71-91, 96-116, 126-149 для субъединицы A). Все четыре трансмембранных участка были обнаружены обоими методами, расхождение в координатах составляет не более 2-5 аминокислот на концах сегментов. Такое небольшое расхождение объясняется тем, что OPM определяет границы сегментов по трёхмерной структуре и положению гидрофобного слоя мембраны, тогда как DeepTMHMM предсказывает их только по последовательности. Ни один трансмембранный участок не был пропущен ни одним из методов, что свидетельствует о хорошей предсказуемости топологии данного белка.
Таблица 1. Сравнение координат сегментов, предсказанных с помощью OPM и DeepTMHMM
| Сегмент | OPM | DeepTMHMM |
| TM 1 | 12-36 | 13-33 |
| TM 2 | 71-91 | 76-92 |
| TM 3 | 96-116 | 97-118 |
| TM 4 | 126-149 | 128-149 |
Текстовый результат .