В данном задании исследуется эволюционное происхождение хлоропластного белка: Chloroplastic ribosome-binding factor шпината (Spinacia oleracea)
PSRP1 шпината - это хлоропластный белок, предком которого считается бактериальный Ribosome hibernation promotion factor (HPF), поскольку хлоропласты произошли от цианобактерий.
С помощью итеративного поиска PSI-BLAST в базе данных Swiss-Prot мы попытались найти бактериальных родственников PSRP1 и установить, каким бактериальным белкам он родственен.
Итерации: поиск сошёлся за 2 итерации, на 3-й новых находок не было.
Всего находок: 28 (1 растение + 27 бактерий). 17 за первую.
Подавляющее большинство белков аннотированы как Ribosome hibernation promotion factor (HPF) - белок, переводящий рибосомы в неактивное состояние при стрессе или нехватке питательных веществ. Поскольку практически все находки относятся именно к этому семейству, можно сделать вывод, что HPF является предковым белком для хлоропластного PSRP1. Среди находок присутствуют белки из самых разных бактерий: Staphylococcus, Bacillus, E. coli, Mycobacterium, а также цианобактерий (Picosynechococcus, Synechocystis). Наиболее высокое сходство наблюдается именно с цианобактериальными HPF (идентичность 39% против 24% у E. coli), что соответствует современным представлениям об эндосимбиотическом происхождении хлоропластов от цианобактерий.
