На данной странице представлен практикум по поиску блоков в множественном выравнивании последовательностей. Для анализа на сайте Pfam Browse был выбран бактериальный домен "Cas5fv helical domain". ID: Cas5fv_helical. AC: PF20158. Число последовательностей в выравниваниях seed – 17; в full – 23. Выравнивание данного домена было скачано и загружено для анализа в программу Jalview. С результатом работы можно ознакомиться на рисунке 1 или в файле по ссылке. Блоки выделены красной рамкой.
1) Вертикальный плюс-блок
Обнаруженный вертикальный плюс-блок имеет координаты 117-132 а/к. Паттерном для него является: [PLV][ILV].[LFMI]Y[CTA][SA][AS]LY[LI].[RQH]L
2) Частичный плюс-блок
Обнаруженный частичный плюс-блок имеет координаты 61-64 а/к. Паттерном для него является: [DN]P[ILV][ST]
3) Вертикальный минус-блок
Обнаруженный вертикальный минус-блок имеет координаты 100-106 а/к.