Беляев Геннадий

На данной странице представлен практикум по использованию нуклеотидных банков данных

1) Сборка генома эукариотического организма

Организм:

Gavialis gangeticus - Гангский гавиал

Вид пресмыкающихся из отряда крокодилов, семейства Гавиаловых; единственный современный представитель своего рода, обитающий на территории Индо-Гангской равнины (территории Бангладеша, Бутана, Непала, Мьянмы, Пакистана и Индии) Его название происходит из хинди घड़ियाल, что в переводе означает «крокодил». Гавиал является одним из крупнейших в своем отряде, достигая 6 метров в длину, при этом ведя в основном водный образ жизни. Для них характерна темная окраска: бурая/темно-зеленая/черная/коричневая кожа с черными полосами для маскировки в воде, что является очень важным для них, т.к. их рацион в основном составляет рыба. В связи с таким рационом у гавиалов сформировалась запоминающаяся отличительная черта - очень длинные узкие челюсти с большим количеством (до 100) острых мелких зубов, которые загнуты внутрь челюсти для лучшего удержания добычи. Также в связи с перходом на почти облигатный водный образ жизни они утратили способность поднимать туловище над землей при движении по суше и приобрели защитные толстые чешуи на животе отчего их кожа ценится не так сильно как гребнистого крокодила, однако это не повлияло на интенсивность их истребления. В связи с поверьями о лечебных свойствах нароста на их носу и внушительных размерах взрослой особи, гавиалы в 19 веке стали объектом активного браконьерского промысла, и т.к. оказались неспособны, как их близкие родственники, оказать серьезное сопротивление человеку, к 1975 году их популяция снизилась до 200 особей, что означало почти полное истребление. С этого момента гавиал внесен в Красную книгу по категории «находящийся под угрозой исчезновения». Различные охранные мероприятия, проводимые зоозащитниками из Индии, Непала и Пакистана, привели к росту популяции до 900 особей на 2017 год, однако это все еще является недостаточным для стабилизации популяции.

Информация о сборке:

Число сборок: 2
Название сборки: GavGan_comp1
RefSeq AC: GCF_001723915.1
Уровень сборки: Scaffold
Общая длина последовательности: 2,640,792,433 bp
Число скэффолдов: 81
Скэффолд N50: 96,076,944
Скэффолд L50: 8
Число контигов: 248,607
Контиг N50: 14,799
Контиг L50: 39,518
Публикация: John A St John, Edward L Braun, David A Ray; Sequencing three crocodilian genomes to illuminate the evolution of archosaurs and amniotes; DOI: https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-1-415
Контиг

Superkingdom: Eukaryota
Clade: Opisthokonta
Kingdom: Metazoa
Clade: Eumetazoa
Clade: Bilateria
Clade: Deuterostomia
Phylum: Chordata
Subphylum: Craniata
Clade: Vertebrata
Superclass: Sarcopterygii
Clade: Tetrapoda
Clade: Amniota
Clade: Sauropsida
Order: Crocodylia
Family: Gavialidae
Genus: Gavialis
Species: G. gangeticus

Responsive image — Рис.1 *Гавиалиха с гавиалятами*

2) Последовательности CDS прокариотических вирусов

В банке данных нуклеотидных последовательностей NCBI Nucleotides был выполнен следующий запрос:
("Inoviridae"[Organism] AND 00000007000[SLEN] : 00000008000[SLEN]) AND "complete genome"[All Fields]
для определения файлов с полными геномами вирусов семейства Inoviridae длиной от 7000 до 8000 нуклеотидов.
Количество находок в GenBank – 28, в RefSeq – 15.

AC: NC_043028
Организм: Xanthomonas phage Xf109 TaxID: 1852597
Геном представлен кольцевой двойной ДНК (https://doi.org/10.1007/s00705-016-3105-3)
Информация о хозяине: Xanthomonas oryzae - вид грам-отрицательных бактерий из типа Proteobacteria. Являются патогенами риса, вызывают бактериальный ожог риса.
Участки генома с CDS

3) Ключи таблицы локальных особенностей

Для описания были выбраны 5 ключей таблицы локальных особенностей с соответствующей страницы.

exon

Определяет часть гена, являющуюся экзоном, т.е. мРНК после сплайсинга(включая CDS, 5'-нетранслируемый регион и 3'-нетранслируемый регион), рРНК, тРНК.

 NM_001396592
                    exon            237..369
                                    /gene="GSTA2"
                                    /gene_synonym="GSTA"
                                    /inference="alignment:Splign:2.1.0"

intron

Определяет часть гена, являющуюся интроном, т.е. участки мРНК, вырезанные после сплайсинга.

 MT624685
                    intron          <1..>775
                                    /gene="rps16"

mobile_element

Определяет часть гена, являющуюся мобильным генетическим элементом(ДНК-транспозоном, ретротранспозоном)

 MW699442
                    mobile_element  complement(51272..52091)
                                    /mobile_element_type="insertion sequence:IS26"

modified_base

Определяет нуклеотид, который химически модифицирован(метилирован)

 J01859
                    modified_base   526
                                    /mod_base=m7g

regulatory

Определяет часть гена, являющуюся регуляторным фрагментом(промотор, терминатор, энхансер..)

 NM_001363506
                    regulatory      1330..1335
                                    /regulatory_class="polyA_signal_sequence"
                                    /gene="UPK3BL2"
                                    /note="hexamer: AATAAA"

Нуклеотидные банки данных