На данной странице представлен практикум с упражнениями по созданию и анализу простейших филогенетических деревьев. Виды бактерий для анализа были взяты из таблицы на странице.
Выбранные бактерии:
Из представленных в таблице видов актинобактерий с помощью рандомизатора были выбраны 8 бактерий:
Acidothermus cellulolyticus (ACIC1)
Arthrobacter sp. (ARTS2)
Bifidobacterium longum (BIFLO)
Leifsonia xyli (LEIXX)
Mycobacterium leprae (MYCLE)
Nocardioides sp. (NOCSJ)
Rubrobacter xylanophilus (RUBXP)
Thermobifida fusca (THEFY)
Скобочная формула:
Проанализировав филогенетическое дерево, представленное по
ссылке, была составлена следующая скобочная формула для выбранных видов:
(((((THEFY, ACIC1), NOCSJ), ((ARTS2, LEIXX), BIFLO)), MYCLE), RUBXD);
Для построения дерева эта формула была загружена в приложения MEGA. Результат на рисунке 1.
Филогенетическое дерево:
Ветви дерева:
Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:
1){THEFY, ACIC1} vs {NOCSJ, ARTS2, LEIXX, BIFLO, MYCLE, RUBXD}
2){THEFY, ACIC1, NOCSJ} vs {ARTS2, LEIXX, BIFLO, MYCLE, RUBXD}
3){ARTS2, LEIXX} vs {THEFY, ACIC1, NOCSJ, BIFLO, MYCLE, RUBXD}
4){ARTS2, LEIXX, BIFLO} vs {THEFY, ACIC1, NOCSJ, MYCLE, RUBXD}
5){MYCLE, RUBXD} vs {THEFY, ACIC1, NOCSJ, ARTS2, LEIXX, BIFLO}