Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1
При помощи инструмента fiber были созданы структуры A, B и Z форм ДНК. В результате были получены следующие файлы:
Задание 2
В рамках данного задания я выбрал B-форму ДНК и рассмотрел тимин [DT]20:B в качестве азотистого основания. Атомы N3 и N1, C2 и О2 направлены в сторону малой бороздки ДНК. Атомы C4, С5, С6 и С7, а также атом кислорода O4 направлены в сторону большой бороздки ДНК.
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали, Å | 28.0 | 33.8 | 42.5 |
| Число оснований на виток | 11 пар | 10 пар | 12 пар |
| Ширина большой бороздки, Å | 16.78 (A/DC`12-B/DT`31) | 17.2 (/A/DG`13-/B/DG`25) | 18,7 (A/DG`11-B/DC`28) |
| Ширина малой бороздки, Å | 8,0 (/A/DG`9/-/B/DA`26) | 11,7 (/A/DG`10/-/B/DT`19) | 12,2 (A/DG`17-B/DG`25) |
Задание 3
Для выполнения задания я выбрал файл со структурой тРНК на PDB, скачал его командой (wget "https://files.rcsb.org/download/2ZUE.pdb" -O «2ZUE.pdb») и перевал в старый формат (remediator --old ''2ZUE.pdb'' > ‘’2ZUE_old.pdb). Были определены спаренные основания и отправлены на вход программе analyze (find_pair -t 2ZUE_old.pdb stdout | analyze ).
Стебли: 901-907(966-972), 910-913(922-925), 926-931(939-944), 949-953(961-965). Неканонические пары оснований (7): 954_:[..U]U-**--A[..A]:.958_ 944_:[..A]A-**--G..G]:.926_ 913_:[..U]U-*---G[..G]:.922_ 917_:[..C]C-**--A[..A]:.917A 955_:[..U]U-**+-G[..G]:.918_ 914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_ 915_:[..G]G-**+-C[..C]:.948_ Водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: Две пары. Обозначены знаками плюс. 917_:[..C]C-**--A[..A]:.917A 919_:[..G]G-----C[..C]:.956_
