Предсказание вторичной структуры тРНК и DNA-белковые комплексы.
Задание 1
Программа einverted из пакета EMBOSS позволяет нам отыскать инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях. Воспользуемся ей, чтобы узнать возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК.
Я выбрал тРНК 1g59, которую нашёл в GenBank. Последовательность: файл. Результат работы программы представлен d файле.
einverted -sequence 1g59.fasta -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile alg1.txt -outseq seqout
Результат работы RNAfold на картинке.
| Тип структуры | По find_pairs | Предсказано einverted | По алгоритму Зуккера |
| Акцепторный стебель | 1-7...72-66(7) | - | 1-7...71-65(7) |
| T-стебель | 49-53...65-61(5) | - | 48-52...64-60(5) |
| Антикодоновый стебель | 26-32...44-38(7) | - | 27-31...43-39(5) |
| D-стебель | 10-13...25-22(4) | - | 9-13...26-22(5) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 17 | 20 |
Можно сделать вывод о неточности предсказания структуры программой einverted.
Задание 2
1) Для рассмотрения в рамках упражнения был выбран белково-ДНКовый комплекс с PDB: 1r4o. Подсчитать множества атомов можно в jmol при помощи скрипта. 2) Сравним численность разных остатков.
| Контакты атомов белка с... | Полярные | Неполярные | Всего |
| Остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 20 | 21 |
| Остатками фосфорной кислоты | 13 | 60 | 73 |
| Остатками АО большой бороздки | 4 | 9 | 13 |
| Остатками АО малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
remediator --old ''1r4o.pdb'' > 1r4o_old.pdb
Теперь файл можно использовать.
nucplot 1r4o_old.pdb
Программа создаст список файлов, но нас будет интересовать только nucplot.ps, который можно просмотреть, конвертировав в другой формат. Изображение доступно по ссылке.
4) Если мы рассмотрим схему, то увидим, что наибольшим количеством контактов обладает аминокислота Lys461(A).
Вероятно, наибольший вклад будет вносить ак Arg466(A), так как она образует самое большое количество водородных связей. Однако это только при условии, что все эти связи существуют на самом деле.
