Изображение выравниваний
Я скачала из Uniprot 6 последовательностей в fasta формате, загрузила в Jalview и построила выравнивание программой Muscle с параметрами по умолчанию. Раскрасила выравнивание по схеме BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%. Последовательности D4GLQ5_PANAM и Q8DZP1_STRA5 внешне отличались от остальных. Но я не была уверена, какая из них лишняя, поэтому построила дерево по схеме BLOSUM62 (на рисунке справа). Из него можно сделать вывод, что лишняя последовательность - D4GLQ5_PANAM, и я ее удалила. Я также удалила негомологичные концевые участки последовательностей. Полученное выравнивание в раскраске BLOSUM62 представлено на рисунке ниже. Ссылки на это выравнивание в формате fasta и msf. Ссылка на проект Jalview

дерево

выравнивание 5 последовательностей


© Герасева Е.П. 2015